内阁辅臣和都御史们就此事一上来就火药味很重，叶向高不得不出来道：“阁老、总宪，科道与内阁、部院，分权而制之，此祖宗之法也，总皆是为朝廷也。”
其实现在内阁和科道之间的矛盾是很明确的，就是内阁认为科道侵夺了原本属于内阁和部院的行政权力，而科道则是认为内阁视科道为工具，利用内阁来实现党同伐异的斗争。
这次关于京察大计的冲突和矛盾，其实只不过是此事的一个极重爆发罢了，王锡爵新官上任，一改之前申时行和衷共济的为政态度，要推动大明政治的继续改革，同时对于其中所出现的弊端，王锡爵要大力予以整顿，所以王锡爵借由京察大计准备推行自己的计划。
在叶向高和此事之后，温纯等饶态度也还是软化了，毕竟他们很清楚，王锡爵所的确实是实情，在京师科道的权力还相对比较受限制，但是在地方，现在科道的权力已经扩张的极为厉害了。
原本按照大明旧制，巡按御史与按察司互相纠举的制衡格局。但是到正统十一年，吏部规定“布按司官从御史举劾”，巡按御史的权力逐渐扩张。到景泰七年又下令布政司、按察司悉听巡抚同巡按一体考察具奏罢黜，这就使得巡按御史的权力得到了极大的扩张。
巡按御史的权力扩张导致权力僭越，一是侵蚀地方行政权，原本布政司掌握一省的行政权，随着巡按御史权力兴起，演变为“凡有大兴革及诸事务，必请于抚按”，巡按御史直接参与地方具体政务，架空地方行政体系。
二是渗透军事权。地方军事部署征搅贼等军务巡按御史都要参与谋议，甚至亲自指挥。
三是架空考核权。由于巡按御史掌握弹劾和考察大权，一些贪官污吏为避免考核降级而向巡按御史行贿。
这些都是现在已经确实存在的事情，都察院的这些长官们也都是十分之清楚的，所以对于王锡爵的指责，他们也无法予以反驳，而在叶向高的调停之下，王锡爵也态度加以软化，同时劳堪也道：“元辅欲何为，可直言也，若当行，则科道必全力支持。”
王锡爵于是就将自己的打算明白的出来了，之前高拱、张居正所要求是省议论，王锡爵认为省议论未免有些过于霸道了，所以王锡爵并不会要求省议论，而是要求一议论。
王锡爵道：“言官所当核奏，部所当题复，明旨申令不啻三五，而民生卒未能安治，治效卒未能睹者，何哉？盖其有二：曰议论不一，曰诏令不校斯二者非独民生之害，且在国家矣。”
言官深入的介入了行政事务当中，必然导致朝廷行政效率的下降，这点现在已经是非常之清楚的事情了。
王锡爵接着道：“台省之臣，职司言路，岂得不指陈时政，条奏便宜。然或有意见稍殊而行多窒碍，及言词甚善而业已施行者，都察院即当斟酌可否，分别从违，可行则行，当止则止。今重沸其意，辄为之词，明知其可行也，而请旨申饬，明知难行也，而下抚按再议，徒使文移旁午，邮传纷纭，政令无常，观听滋惑有司勾较簿书酬应上官之不暇，而暇求民疾苦、修其职业乎？此议论不一之患也。”
对于言官们肆意妄言，干预行政，王锡爵是极为痛恨的，他本人在科道中就没有什么党羽，他也不想效法之前的高、张两人，高拱以内阁掌吏部，权热煊赫，其门生韩楫、宋之韩、程文、涂梦桂等并居言路，日夜走其门，专务搏击。张居正柄政，亦是置亲党于言路，以给事中周邦杰、秦耀等为鹰犬，他们都能够通过这种方式对于科道进行有力的控制。
但是王锡爵很清楚，他不能够做这样的事情，第一就是他自己本身和科道的关系并不好，在科道中并没有很多的党羽，想要依靠控制科道来达成目的显然是不行的。
而且王锡爵也很清楚，自己和朱载坖的关系也不支持自己这么干，因为高拱和张居正能够这么干，是因为高、张两人都是朱载坖的讲官出身，和朱载坖的关系十分之密切，能够受到朱载坖的信任，朱载坖也默许此事，但是现在时移世易，朱载坖正在准备内禅事宜，是不可能容忍王锡爵这么揽权的，这对于太子掌握朝政是极为不利的。
而且当时的情况是朝廷要激进的推动改革，所以在这种情况下首辅必须有很强的权威，也就是高拱、张居正等人所省议论，但是现在改革不必过于急躁，但是要更加注意兴利除弊，所以对于首辅的政治能力提出了更高的要求。
王锡爵认为，内阁部院和科道之间是互相制衡的关系，要保证这种关系的可靠，就必须要保证科道和部院内阁的相对独立，监察机构是监察机构，行政是行政机构，这点才是现在最为重要的事情。
王锡爵以刑名司法为例，就明的此事的重要性，都察院作为最高监察机关，本应以纠劾百司为核心职能，却通过三法司会审的机制深度介入司法审判，这种职能错位在实践中演化为以监察代司法的权力越位。也就是监察权凌驾于司法权之上。
都察院所派遣的巡按御史既掌照刷文卷的监察权，又行磨勘卷宗的司法复核权，这种既当裁判又当运动员的运作模式彻底消解了司法监督的客观性。
在地方的司法实践中，不管是按察使司还是大理寺、大理分司等，都不敢和御史对抗，于是就形成了按察使拱手，刑曹唯诺的奇怪现象，都察院甚至甚至明确“御史理刑，得酌情权变”的特例，致使同案不同判成为常态。监察权对司法权的肆意践踏，最终使“三尺之法，委于宪臣”，法条荡然，纲纪不存。
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