李靖避其兵锋，挫其锐气，然后一战可擒的战术是正确的，但李孝恭由于连战告捷，错误地估计列饶力量，没有听从他的劝告，遂命李靖留守军营，自己率兵出战。果然不出李靖所料，双方一交战，李孝恭军大败，逃奔南岸，损失很大。文士弘获胜以后，纵兵四出抢掠，李靖见敌军队伍大乱，当即指挥唐军出战。文士弘军一时难以收拢，结果被唐军击溃，被杀及溺水而死者将近一万人，被缴获舟舰四百余艘。
攻下夷陵之后，李靖又马不停蹄，率轻骑五千为先锋，直奔南梁都城江陵，李孝恭率大军继后。文士弘战败后，萧铣非常恐惧，这时刚刚在江南征召士兵，结果征召的士兵不能如期赶到。李孝恭带领大军继续进攻，李靖又击败萧铣的骁勇大将杨君茂、郑文秀，俘获士卒四千多人，攻克江陵外城，接着又占领水城，缴获了大批舟舰，却让李孝恭全部散弃江中，顺流漂下。诸将对此做法都困惑不解，认为缴获敌船，正好充当军舰，为何却遗弃江中，以资敌用？李孝恭胸有成竹地：“萧铣的地盘，南出岭表，东距洞庭，我们孤军深入，如果攻城未拔，对方的援军四集，我们将表里受敌，进退不获，虽有舟楫，将如何使用呢。如今放弃舟舰，使塞江下，援兵见到了，一定以为江陵已经被攻破，不敢轻易进去，往来侦察，往返拖延要一个月，我们一定能攻下。”疑兵之计果然奏效，长江下游的萧铣援兵见江中到处都是遗弃散落的舟舰，以为江陵已破，都疑惧不前。交州刺史丘和、长史高士廉等将赴江陵朝见，在行进途中听萧铣已败，便都到李孝恭营中投降。
唐军把江陵围得水泄不通。萧铣见内外隔绝，外无援兵，城内又难以支持，走投无路，遂开门投降。李靖率军进入城内，号令严肃，秋毫无犯。这时，诸将都以为萧铣将帅抗拒官军，罪大恶极，建议籍没其家财产，用以犒赏官军将士。李靖立即出面劝止，：“王者之师，应保持抚慰人民，讨伐罪恶的节义。百姓已经受到战事的驱逼，抵抗作战难道是他们的愿望。况且狗自然会对不是自己主饶人吠叫，为萧铣战死的人，死为其主，不能与叛逆者同等看待，这就是蒯通之所以在高祖面前免除死罪的原因啊。现在刚平定荆州、江陵，应当采取宽大的政策，来抚慰远近的民心，投降了我们而还要没收他们的家产，恐怕不是救焚拯溺的道义。只怕从此其他城镇的敌将，拼死抵抗都坚守不降，这不是好的决策。”李靖高瞻远瞩，宽宏大度，不贪财宝。他的做法颇得人心，由是江、汉纷纷望风归降。萧铣投降几之后，有十几万援军相继赶到，听萧铣已经投降，唐朝宽大处理，也都放下兵器投降。
李靖佐助李孝恭出师，仅用了两个月的时间，即消灭了江南最大的割据势力南梁。因其战功卓着，李渊诏封他为上柱国、永康县公，赐物二千五百段。
攻取江陵的战斗历程，表现出了李靖杰出的军事才干，他进一步得到了李渊的倚重。战事刚一结束，李渊即擢任为检校荆州刺史，命他安抚岭南诸州，并特许承制拜授。
武德四年十一月，李靖越过南岭，到达桂州，派人分道招抚，所到之处，皆望风归降。岭南豪酋冯盎、李光度、宁长真皆派遣子弟求见，表示归顺，李靖承制都授以官爵。于是连下九十六州，所得民户六十余万。自此，“岭南悉平”。李渊下诏劳勉，授任岭南道安抚大使、检校桂州总管。
李靖以为南方偏僻之地，距朝廷遥远，隋末大乱以来，未受朝廷恩惠，若“不遵以礼乐，兼示兵威，无以变其风俗”，遂率其所部兵马从桂州出发南巡，所经之处，李靖亲自“存抚耆老，问其疾苦”，得到当地人民的拥护，于是“远近悦服”，社会安定。
武德六年七月，原投降唐朝的农民起义军将领杜伏威、辅公祏二人不和，辅公祏乘杜伏威入朝之际，窃据丹阳，举兵反唐。李渊命李孝恭为帅，李靖为副帅，率李积等七总管东下讨伐。辅公祏派大将冯惠亮率三万水师驻守当涂，陈正道率二万步骑驻守青林，从梁山用铁索横亘长江，以阻断水路。并筑造建月城，绵延十余里，以为犄角之势。李孝恭召集诸将议军事，诸将都：“冯惠亮、陈正通都掌握了强大的兵力，是想守险不战，因此构城筑垒而固守，仓猝之间是不能攻取的。不如直指丹阳，掩袭辅公祏的巢穴，丹阳一旦攻破，冯惠亮等人自然不战而降。”李孝恭想采纳诸将的意见。
李靖透辟地分析列方形势，认为“辅公祏的精锐兵力，虽然集中在水、陆二军，然而他自己统帅的军队，也都是骁勇的士卒。冯惠亮等驻守的城栅尚且不能攻取，辅公祏已经固守的石头城，难道是可以轻易攻取的吗？如果我军直奔丹阳，旬月之间都不能攻下而滞留在那里，前面的辅公祏没有平定，后边的冯惠亮也是一大隐患，这样我们就会腹背受敌，恐怕不是万全之计。冯惠亮、陈正通都是身经百战的贼将，决不会害怕野战，只因为辅公祏立下计谋，命令他们持重防守，只想不出战拖延时间使我军疲劳。现在如果我们进攻冯惠亮、陈正通的城栅，就可以打他个出其不意，消灭敌贼的机会，只在此一举。”
李孝恭赞同李靖的意见。李靖于是率黄君汉等将先攻打冯惠亮，苦战将其击破，叛军被杀伤和溺死者万余人，冯惠亮败走。李靖率轻兵先至丹阳，辅公祏大惧，派遣将领左游仙领兵守会稽作为援助，辅公祏拥兵东走，去往游仙，到了吴郡，辅公祏、冯惠亮、陈正通相次被擒获，江南悉平。
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