贞观十年，长孙皇后去世。长孙皇后入葬昭陵后，李世民对她思念无法停止，为了缓解思忆之苦，便在宫中建起了层观，终日眺望妻子的陵墓，还让大臣陪同悼念。一次李世民让魏徵陪同，并指着昭陵的方向问魏徵是否看清了，魏徵：“臣眼力昏花，不能看见。”李世民问：“怎么会没看见，那是昭陵啊！”魏徵闻言回答：“以为陛下望的是献陵，如果是昭陵，臣当然看见了。” 李世民听后明白魏徵是在提醒自己，不要只顾及思念亡妻而忘了父亲。于是便哭着下令拆掉了层观。
当时，李世民命魏徵主编《周书》《梁书》《陈书》《齐书》及《隋书》。书成之后，魏徵被加授为左光禄大夫，进封郑国公，获赐物二千段。
贞观十一年，李世民东巡洛阳，住在显仁宫，因州县官吏供奉不好，大都受到了谴责。魏徵告诉李世民当初隋炀帝杨广曾在此让附近的百姓上贡，贡品吃不完就扔掉，十分浪费。
贞观十二年，礼部尚书王珪上奏：“三品以上的官员在路上遇到亲王，都下车，违反法度来表示恭敬，这违背了礼仪的标准。”李世民：“你们自己的地位都尊贵，就轻视我的儿子吗？”魏徵进言：“从古至今，亲王列在三公之下。现在三品都是子的列卿和八座之长，为亲王降乘，不是亲王所应承受的礼节。求之于旧例，又没有可以作为凭证的依据；施行于当今，又违背了国法。”李世民：“国家所以立太子，是准备他做国君。然而饶长短，不在老少，假如没有太子，那就依次立太子同母的弟弟。这样来，怎么能轻视我的儿子呢？”魏徵：“殷代崇尚质朴，有兄长去世其弟即位的礼义；自周以来，立太子必定要是嫡出的长子，以这杜绝各个兄弟的私念，堵塞祸乱的根源，这是国君应当十分慎重的事。”于是李世民同意了王珪的奏言。
此年三月，太子李承乾的嫡子李厥出生。因为皇孙诞育之喜，李世民大行庆祝，又召集五品以上官员在东宫举行大型的宴会。席间，李世民对侍臣：“贞观以前，跟随我平定下，辗转奔波于乱世，这是房玄龄的功劳。贞观之后，尽心对我，进献忠直的劝告，安国利民，敢于冒犯国君尊严直言规劝，纠正朕的过失的，只有魏徵一人而已。古代的名臣，也不能超过他们。”于是亲自解下佩刀，赐给二人。
贞观十三年五月，魏徵乘李世民诏五品以上的官员上封事之机，全面地、系统地总结了此时政事不如贞观之初的事实，撰成《十渐不克终疏》。李世民看完奏疏后，欣然接纳，并对他：“朕今闻过矣，愿改之，以终善道。有违此言，当何施颜面与公相见哉！方以所上疏，列为屏障，庶朝夕见之，兼录付史官，使万世知君臣之义。”于是赐魏徵黄金十斤、马二匹。
后来，太子李承乾不学习德行和术业，魏王李泰的宠爱一增长，朝廷内外众官，都有些疑虑和议论。李世民听到后很厌恶这些议论，对侍臣：“当今朝臣忠诚正直的，没有人能超过魏徵，我派他辅佐皇太子，用这杜绝下的怨言。”贞观十六年，李世民任命魏徵为太子太师，知门下省事如旧。魏徵自称有病推辞，李世民下诏回答：“汉朝的太子以四老为辅佐，我现在依靠您，也是这个道理。知道您患病，您卧病也可以保全太子。”
自贞观十六年起，魏徵的病情加重，李世民下手诏慰劳，并：“不见数日，朕过多矣。今欲自往，恐益为劳。若有闻见，可封状进来。”魏徵不顾疾病在身，又上言数事，对太宗近来临朝时“常以至公为言，退而行之，未免私辟”的言行不一的做法提出了批评。在此期间，李世民常派中使探望，还让中郎将留宿魏徵家中，随时奏报他的病情，期间赏赐的药食不计其数。魏徵平素为官清正，生活简朴，以至家无正堂。李世民遂把自己准备建殿的材料移给魏徵营造正堂，五日就修成了；同时派中使携带白色的褥子和布被赐给魏徵，以此满足他崇尚简朴的心愿。
贞观十七年，六十四岁的魏徵病重，将不久于人世。李世民闻讯后，亲自到魏徵家中探视，屏退左右侍从，与他交谈良久，方才回宫。后来，他带着太子李承乾和嫡女衡山公主再次到魏徵家郑魏徵强撑病体，穿戴朝服，拖着带子。李世民见状，悲从中来，一边抚摸着魏徵一边流泪，问他有什么想的，魏徵：“寡妇不愁织布的纬线少，而忧虑宗周的危亡。”李世民将衡山公主许配给魏徵的长子魏叔玉，指着衡山公主对他：“魏公，睁开眼睛看看你的儿媳！”但魏徵已经身体衰弱到无法起身谢恩了。数日后，李世民忽然在夜里梦见魏徵，如同平日里一样，到次日清晨，魏徵逝世的消息传到宫中，时为贞观十七年正月戊辰日。李世民亲临其丧礼，痛哭流涕，为魏徵废朝五，并令内外百官与在长安的朝集使一同前来参加丧礼；太子李承乾在西华堂为他举哀。随后，李世民下诏追赠魏徵为司空、相州都督，赐谥号“文贞”；同时赐羽葆、鼓吹，加班剑四十人，赠绢布一千段、米粟一千石，允许他陪葬昭陵。
将要下葬时，魏徵的妻子裴氏：“魏徵平生节俭，现在按一品官的礼节安葬，所需仪仗、器物太多，不符合魏徵的志愿。”对朝廷供给的一切仪仗和物品都推辞不受，仅用白布、帷幕装饰承载灵柩的素车，不用花纹、色彩和刍灵。李世民亲自登上御苑的西楼，望着魏徵灵柩的方向痛哭，竭尽哀思，命百官送灵柩出长安郊外。晋王李治奉诏致祭。李世民亲自为魏徵撰写碑文，并将它书写在墓碑上；为其创作挽词十首，以表哀思。之后，李世民追思魏徵不已，又赐其家封户九百户。
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