武德九年六月，李世民发动玄武门事变，诛杀李建成与齐王李元吉。李世民听魏徵以前经常劝谏李建成把自己安排到别的地方去，于是派人把魏徵带来，问道：“你为什么要离间我们兄弟？”闻言者都为魏徵担忧。魏徵只是据直回答：“先太子要是按照我的去做，就没有今日的祸事了。”李世民素来看重魏徵的才能，此时见他话直爽，没有丝毫隐瞒，便将其赦免，授为詹事府主簿，从而将他吸纳为自己的幕僚。
玄武门之变不久后，李世民擢升魏徵为谏议大夫。武德九年七月十一日，又命他安抚在河北的李建成、李元吉旧部，允许便宜从事。魏徵到磁州时，正巧遇到押送前东宫千牛李志安、齐王护军李思行的囚车正在驶向长安。魏徵对副使李桐客：“我们动身时刚得到诏命，前东宫、齐王府的旧人都一律赦免不问。现在又把李思行等押送京师，这样做其他的人谁还再相信诏令而不疑虑呢？朝廷派我们安抚山东，人们一定不会相信，这岂不是‘差之毫厘，失之千里’，况且有关国家利益，明白了没有不去做的，宁可自己承担责任，也不能损害国家大计。现在如果释放李思行他们，不再追究他们的罪责，那么信义的感召就会远达下。古时大夫出使，只要是对国家有利，就可以自己做主。况且我们这次出使，主上赐予便宜行事的权力。主上既然对我们以国士相待，我们怎能不以国士相报呢？”李桐客同意，当即释放了李思行等人，并上书呈报李世民。李世民览奏后非常高兴。同年八月，李渊禅位，李世民登基，封魏徵为钜鹿县模
李世民有志建立盛世，多次于卧榻召见魏徵询问得失，魏徵有治国的才干，性情又耿直，从不退缩屈服，李世民与他谈论，总能欣然接受他的意见。魏徵也为遇到赏识自己的君主而喜不自胜，于是把心里的想法全部出来，毫不隐瞒。李世民曾经慰劳魏徵：“您所陈述进谏的事，前后有二百多项。是至诚报效国家，怎么能够这样？”
贞观元年，魏徵被擢升为尚书左丞。一次，太宗派人征兵，中书令封德彝上奏道：“中男虽不到十八岁，其中身体魁梧壮实的，也可一并征发。”李世民同意。敕令传出，魏徵坚决反对，不肯签署，如是往返四次。李世民大怒，将他召进宫中责备道：“中男中魁梧壮实的，都是那些奸民虚报年龄以逃避徭役的人，征召他们有什么害处，而你却如此固执！”魏徵答道：“军队在于治理得法，而不在于人数众多。陛下征召身体壮健的成丁，用正确的方法加以管理，便足以无敌于下，又何必多征年幼之人以增加虚数呢！而且陛下总：‘朕以诚、信治理下，欲使臣下百姓均没有欺诈行为。’现在陛下即位没多久，却已经多次失信了！”李世民惊愕地问：“朕如何失信了？”魏徵答道：“陛下刚即位时，就下诏：‘百姓拖欠官家的财物，一律免除。’有关部门认为拖欠秦王府国司的财物，不属于官家财物，仍旧征求索取。陛下由秦王升为子，秦王府国司的财物不是官家之物又是什么呢？又：‘关中地区免收二年的租调，关外地区免除徭役一年。’不久又有敕令：‘已纳税和已服徭役的，从下一年开始免除。’如果退还已纳税物之后，又重新征回，这样百姓不能没有责怪之意。现在是既征收租调，又指派为兵员，还谈什么从下一年开始免除呢！另外与陛下共同治理下的都是地方守宰，日常公务都委托他们办理；至于征点兵员，却怀疑他们使诈，这难道是以诚信为治国之道吗？“李世民听后，高胸：”以前朕认为你比较固执，怀疑你不通达政务，现在看到你议论国家大政方针，确实都切中要害。朝廷政令不讲信用，则百姓不知所从，国家如何能得到治理呢？朕的过失很深呐！“于是不征点中男做兵员，并赐给魏徵一只金瓮。
贞观二年，岭南部落首领冯盎、谈殿等人互相争斗，许久没有入朝。地方州府前后十几次奏称冯盎谋反，李世民遂令将军蔺謩等征发江、岭数十州兵马，准备大举讨伐。魏徵劝谏：“中原刚刚平定，岭南路途遥远、地势险恶，有瘴气瘟疫，不可以驻扎大部队。而且冯盎反叛的情状还没有形成，不宜兴师动众。”李世民：“上告冯盎谋反者络绎不绝，怎么能反叛的情状还没有形成呢？”魏徵答道：“冯盎如果反叛，必然分兵几路占据险要之地，攻掠邻近州县。现在告发他谋反已有几年了，而冯氏兵马还没出境，这明显没有反叛的迹象。各州府既然怀疑冯氏谋反，陛下又不派使臣前去安抚，冯氏怕死，所以不敢来朝廷。如果陛下派使臣向他示以诚意，冯氏欣喜能免于祸患，这样可以不必劳动军队而使他顺从。”李世民遂下令收兵，并遣使往岭南慰问冯盎，使冯盎派出他的儿子冯智戴随使臣回朝。李世民事后感叹：“魏徵让我派遣一个使者，岭南就得以安定，胜过十万大军的作用，不能不加赏。”于是赐给魏徵绢五百匹。
有人诽谤魏徵包庇自己的亲戚，李世民派御史大夫温彦博去查办，结果查无实据，温彦博向李世民宗奏道：“魏徵作为一个臣子，应该使自己的行为显明，他不能远避嫌疑，以致遭受这些没有根据的诽谤。虽然没有私情，也应当受到责备。”于是李世民让温彦博代替自己去责备魏徵，并：“从今以后，行为不得不存痕迹。”第二，魏徵入朝上奏：“臣听君臣一心，如同一个整体。置国家大事于不顾，一味追求行为显露痕迹，如果君臣上下都共同遵循这条道路，那么国家的兴衰就难以预料了。”李世民大感惊异，且改变脸色道：“我已经悔悟这件事了。”
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