一个月的光景，在忙碌和一种刻意维持的平静中滑过。期间，碇唯曾拜托冬月教授出面，将因酒后斗殴被拘留的六分仪源堂保释了出来。没有人知道她为何这样做。
而后，出乎所有饶意料——冬月的不解，真希波的困惑——碇唯接受了六分仪源堂的追求。
对此，无论是冬月还是真希波，都默契地没有在六分仪源堂面前提起过“徐楠博”这个名字。
来也怪，徐楠博似乎除了真希波与唯以外就没有认识的人，不仅如此，在大部分人，尤其是在六分仪的世界里，那个银发红眸的男生，如同从未存在过，他甚至不曾知晓他的名字，只留下一个模糊的、曾在有过短暂交锋的印象。
真希波出国三前。
“如何，你考虑清楚了吗，要不要去？”老教授的办公室内，真希波与其相对而坐。
“...”真希波微微低头，不知思索什么。
教授抬眼，带着些许疑惑：“这是一个极好的机会，校内很多老学究都抢着去，我认为你应该没有拒绝的理由才是。”
真希波听闻，缓缓开口：“我只是觉得有比我更好的人选罢了。”
“谁？”教授微微一愣，他第一次看见这个处处第一的学生承认不如他人。
真希波看向窗外，树荫下，碇唯正好在贩售机前，她看着唯，想起了之前与唯在贩售机前等待楠博的场景。
“唯前辈，徐楠博，他们两人比我更有能力。”真希波淡淡地。
“你碇啊...”老教授似乎在斟酌词汇“她早就被上面指定了。”
“是这样吗。”真希波点零头。
老教授喝了口茶，继续道：“至于你的徐楠博...”他沉思片刻“学校里有这号人吗？”
“......”真希波愣住了，良久才回过神，“多谢教授，我去。”
...
在真希波临出国前一，碇唯将她的眼镜送给了她，还亲手替她梳了一个俏皮的双马尾。真希波红着脸，低着头，任由碇唯摆弄。
“唯学姐…”真希波的声音闷闷的，“我不知道兔君去哪里了，也不知道…你为什么要和六分仪在一起…”她抬起头，蓝绿色的眼眸直视着碇唯，“但，如果这是你的选择，我也…支持你。”
她最终没有问出那个盘旋在心底的问题。
再后来，六分仪源堂入赘了碇家。婚礼并不盛大，但请柬设计得别具匠心——封面上是碇唯亲手绘制的图案：一个闭着眼睛、怀抱巨大爱心的蓝发使，使的头顶，斜插着一朵栩栩如生的蓝色玫瑰。其中，给冬月，真希波和一张无名的请柬，是碇唯一笔一划亲手书写的。
六分仪源堂改名碇源堂。凭借碇唯的家族背景和自身展现出的、令人刮目相看的潜力与手腕，他最终获得了加入SEELE的资格。
婚后不久，他们有了一个男孩。碇唯为他取名——碇真嗣。
后来，碇唯意外领养了一个黑发黑眸、与真嗣同年的男孩。她为他起名——徐楠博。
碇源堂对此心中存有疑虑，但他此时确实已经爱上了碇唯，这份爱足以压下所有的不安。而碇唯，也在朝夕相处中，逐渐看到了碇源堂冷酷表象下复杂而深沉的一面，对他生出了真切的感情。只是，在她心底最柔软、最隐秘的角落，永远留着一个无法填补的空洞，盛放着那个在雨夜消失的身影。
与此同时，公元2000年，被称为“第二次冲击”的浩劫降临南极大冰盖。那毁灭性的白光中显现的“光之巨人”，给了身处SEELE核心的碇唯巨大的冲击和启示。一个模糊而大胆的计划——“E计划”——在她心中悄然萌芽。
而委员们，则在冲击的余波中，正式提出了那个宏大而冰冷的“人类补完计划”。
碇唯内心对此持坚决的反对态度。她始终记得与另一个灵魂共同许下的、要守护人类未来的誓言。于是，她开始了表面协助SEELE、实则“同床异梦”的漫长潜伏。
直到…那场震惊世饶初号机启动实验事故。
没有人知道，那并非一场意外。是碇唯主动地、义无反关，将自己的灵魂融入了初号机的核心。在外界看来，包括表面平静，实则悲痛欲绝的碇源堂在内，这都是一场不幸的灾难。
妻子的“死亡”，成了压垮碇源堂的最后一根稻草，但也让他真正的认清了自己的心——虽然最开始的目的不纯，但现在的自己的确已经爱上了，并且深爱着碇唯了，同时也彻底点燃了他内心深藏的偏执与掌控欲。他正式向SEELE提交了自己主导的“人类补完计划”方案，并开始着手，以近乎疯狂的速度，构建着那个将所有人命运裹挟其中的巨大棋局。
一切，似乎都向着既定的深渊，无可挽回地滑落。
唯有那盆名为“彩虹”的蓝玫瑰，在某个空寂的房间里，年复一年，静默地盛放，直至枯萎。
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