内阁与科道大员在举行会揖，商量有关京察大计的事情时，朱载坖也在和太子商量此事，涉及到京察大计，对于朝廷来都是极为重要的事情，内阁自然要与科道、吏部详细加以商量，而朱载坖父子则是要商量大明需要一个什么样的内阁和朝廷，这是父子两人最关心的。
朱载坖问道：“外间对于内阁，可有什么议论啊？”
太子道：“外间所言，多以父皇放纵内阁，称太祖罢中书省而设六部，惟恐其权不散，严分宜以来，内阁合六部而揽之，惟恐其权之不聚。散则互钤，权臣不得行其私，国家之利也；聚则独制，各人不得守其职，权臣之利也。”
朱载坖听了之后，只是冷笑一声，并没有话，对于这些官员的看法，朱载坖不是不清楚，他们的想法是很简单的，就是现在内阁的权力过大，使得部院都为之趋使，他们自然是不干的。
其中这种现象从嘉靖以来就出现了，在嘉靖年间，主要是首辅的权势得到了极大的增加，张璁、夏言、严嵩这三位猛人，内有嘉靖的信任，外有自己的党羽，自然是在朝廷上无往而不利，颐指百僚，无敢与抗者，次辅、阁臣，在这些猛人们眼中，和妾也没什么区别。
此时的内阁，主要是首辅集权专票，形成了所谓的宫府一体的情况，这些阁臣们在皇帝的支持和信任之下，可以推动自己的政策，对于部院行政，直接予以干涉，根本不把部院大臣当人看，很多官员对此是极为不满的，他们认为这些首辅是“广布爪牙，要结近侍，是以阁臣而假子之威福者也。”
在朱载坖即位之后，则是采取了另外一种措施，就是对于首辅专票之权予以分割，但是同时提高内阁作为专门辅弼皇帝的衙门的地位，将内阁从翰林院中独立出来，成为在品级上都超越其他部院的从一品衙门，确立起了内阁在大明政治体系中的决策机关的地位。
在朱载坖的改革之后，军机处和内阁分掌军政，同为从一品衙门，皆隶属于皇帝，内阁整体的地位自然是大幅度的提升了，但是相应的朱载坖也对于首辅的权力做了限制，其实从张居正等人去任之后，继任的首辅也没有他们的魄力了。
申时行性格温和，同时长袖善舞，在朱载坖的命令之下实施了分票制，申时行在给朱载坖的奏疏中就道：“臣实不敢以一人自专，遇事必计议而后请行，本下必商确而后拟票。又念先朝辅臣，师师有寅恭之几中，熙熙成和平之治，而近年以来，始有操政柄以擅权，窃威福以乱政者，不知阁中之事，阁臣皆得而与之，孰为当事？孰为旁观？科道以臣为蚊负，固当矣，而以臣位为代庖，则非也。”
申时行比较心谨慎，不愿揽权，对于朱载坖所推行的各项政策，也能够予以支持，所以在申时行的配合之下，内阁实施了分票制度，朱载坖问道：“太子以为，专票与分票哪个好啊？”
这个问题确实是一个很重要的问题，内阁是辅助皇帝行政的重要衙门，在隆庆之前，都是实施的所谓专票制度，也就是首辅秉笔制的，这种制度是有一定好处的，首辅秉笔制下，阁臣在名义上同进共退，内部达成意见一致后，形成内阁的集体意见，通过公揭上奏皇帝。凭此，内阁往往能够一定程度上对皇帝施加政治压力，并防止宦官借批红之权专擅朝政。但是阁臣之间太过团结便易使君主产生威胁感，进而疏离内阁。
而分票制下，皇帝对于内阁是有更大的优势的，在分票制下，首辅独掌的秉笔权被众辅分割，就意味着当皇帝或司礼监的意志与首辅的意志产生冲突时，可以直接转向其他阁臣寻求支持。而阁臣只要取得皇帝或者司礼监的支持，不必位居首辅就拥有了凌驾于同僚之上的条件。
这样对于内阁辅臣来，得到皇帝的支持就是最重要的事情了，所以对于皇权的安全来，分票自然是更好的，但是太子也很清楚，分票会激化内阁辅臣之间的斗争，使得朝廷的行政效率受到影响。
所以太子也认为，专票与分票，其实是各有利弊，专票制下，对于皇帝的个人素养和君臣关系要求更高，皇帝能够选拔合格的辅臣，同时将政务委托给首辅，首辅自然能够利用大权，推动各项政策，同时对于司礼监也能够起到很好的制衡作用。
但是专票制下的首辅权力过重，极易产生权臣，对于皇权的威胁很大，这也是朱载坖为什么要废除专票制度的主要原因，但是分票制在实施的过程中，也出现了一些问题，首辅如果是申时行这样能够长袖善舞的人还倒好，不管是内阁辅臣还是部院重臣，都能够加以团结，维持朝廷表面上的和睦，但是如果遇到王锡爵这样想要有所作为但是不善于团结辅臣和部院的首辅，皇帝必须出面处理这些问题。
同时分票制度还极大的削弱了内阁对于司礼监的制衡作用，在分票制下，确实也是可以实现专票制下的宫府一体，但是分票制所重现的“宫府一体”对内阁来是把双刃剑，因为在分票制下的宫府一体，主导的就是司礼监或者是皇帝了，能否发挥良性作用很大程度上取决于皇帝的个人素质。
如果皇帝没有约束宦官乱政的意愿和能力，而内阁面对宦官作恶，失去了首辅秉笔制下同进共退抗争的条件，除了辞官去位与曲意逢迎之外，别无他途。力图固位的阁臣就难免沦为司礼监的附庸和帮凶了。这也是朱载坖所担忧的事情，首辅必须要求一定的权力，才能够稳定整个朝堂。
朱载坖认为，现在内阁最大的问题就是权责不对等，这是极为要命的事情。
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