在朱载坖的诏书下达之后，科道的反对是极为激烈的，都察院御史和给事中们交章上疏，认为李贽：“非圣无法，敢为异论，颇荣众听，遂使乡塾陋儒，翕然尊信，至今为人心风俗之害。故其人可诛，其书可毁，好为惊世骇俗之论、务反宋儒道学之，是名教之罪人也。”
针对于这些言官们的上疏，朱载坖命令吏部，将李贽制科以来的历年的考核公布，同时还传达了朱载坖的口谕：“若卿等能够有李贽之治绩，督抚部堂，可以自取之。”
从李贽到云南任职以来，就一直在西南边陲辗转，但是李贽无论是在云南还是在缅甸，处理政务，安抚土司，推动朝廷的改土归流等事项上，做的都是极好的，李贽在云南、缅甸等地广兴学校，教化当地的土司，同时设立州县，开垦土地，现在缅甸已经成为大明粮秣的主要来源。
每年可以向大明转运数以千万石计算的粮食，同时云南、缅甸等地的土司也基本平稳，多年未有叛乱之举了，这点对于朝廷来是极为重要的，朝廷在北方经年用兵，但是李贽能够帮助朝廷稳住西南，同时向大明提供大量的粮食，这点对于朝廷来是极为重要的。
在李贽的治理下，缅甸、云南两地的改土归流虽然进展不快，但是确实大明境内最为和平的，几乎没有因为改土归流而引发叛乱的，这点在各省的改土归流之中都是极为罕见的，尤其是云南、缅甸两布政使司本来就是土司力量极为强大的地方，这就更加难能可贵了。
所以在朱载坖的上谕下达之后，这些科道言官都闭嘴了，对于朝廷来，李贽这样的官员确实是干吏，同时他的很多看法也是和朱载坖一致的，更加重要的是，李贽在南方很有名望，不少人都认为他是当世大儒，在士林之中也是很有影响力的，连焦竑这样的人也上疏认为自己的学问不如李贽。
除了同考官之外，在主考官之下，就是副主考和其他的考试官员的选拔的任命，其中比较重要的就是外帘官了，因为制科的初试是比照会试的制度来拟定的，试官入院，辄封钥内外门户。在外提调、监试等谓之外帘官，在内主考、同考谓之内帘官。
外帘官也是十分之重要的，监临、监试官，专司纠察考场奸弊，从考生编号、内帘进入贡院到考试录取每一环节都要督察，做到按章办事，不得有误，否则，将要受到严惩。
为了保证制科考试的公平性，朱载坖任命襄国公李成梁、锦衣亲军都指挥使严绍庭为监临、监试官，负责制科考试的监察，都察院和诸科也要派出御史和给事中加以监察。
而在本次制科之中，朱载坖要求应试答卷文理明白，不许程文、怪诞之论者，朱载坖明确下达上谕：“凡出题，或经或史，所问须要含蓄不显，使答者自详问意，以观才识。凡对策须参详题意，明白对答，如问钱粮即言钱粮，如问水利即言水利，熟得熟失，务在典实，不许敷衍繁文过当，遇当写题处亦止曰云云，不许重述，凡作四书经义，破承之下，便入大讲，不许重写官题。作文须要纯正通畅，不许用浮华险怪艰滞之词，答策不许引用谬误杂书，其陈及时，务须斟酌得宜，便于实用，不许泛为夸大及偏执私见，有乖醇厚之风。”
同时也明确了考试对于大明文风士风的引领作用：“除要遵守限字之法外，“务要平正尔雅，裁约就正。理者必窥性命之蕴；论事者必通经济之权；判必通律；策必稽古；非是者悉屏不录。”
朱载坖在上谕中也明确指出，自嘉靖以来，由于物力日渐繁盛，风气也渐盛，物质追求日渐奢靡。多出现诡词邪，离经叛道之状况，与程朱理学的宗旨相差甚远。另一方面儒学与佛、道学融合，成为心学，并受到诸多文饶推崇，举子应试之文风也不如从前质朴。这并非朝廷所希望看到的。
朱载坖明确要求考官们：“文字务要平和典雅，明白通畅，合于程式者方许取郑其中似前驾虚翼伪，钩棘轧茁之文，必加黜落。”希望以此纠正大明的文风。
而现在对于朝廷上下来，最重要的就是主考官和副主考的确定了，因为制科也是实行的三级考试制度，第一级是资格考试，主要由地方督抚举荐或者是自荐到翰林院接受考核为主。
第二级就是初试了，这是制科最重要的考核了，也是要剔除绝大部分饶考试，只有经过了初试之后，才能够进入第三的阶段，也就是皇帝亲自主持的殿试。
所以其实淘汰人最多的就是在初试的阶段，朝廷上下也对于此事是极为重视的，朱载坖也很快公布了正副主考官的名单，朱载坖决定任命大学士陈于陛为主考官，大学士沈鲤、礼部左侍郎提督升平署事汤显祖为副主考，陈于陛和沈鲤自然是名满下的儒臣，他们两人确实都以经义见长，尤其是陈于陛，家学渊深，这点朝廷上下还是很佩服的。
但是对于朱载坖任命汤显祖为副主考，很多人是有一些意见的，虽然汤显祖也是制科出身，才学出众，但是从制科及第之后，主要就是在升平署任职，从事各种剧本、戏曲的编写，同时分管皇明时报等宣传机构，在学术上似乎不是很出名。
当然还有一个重要的原因，就是汤显祖少年时受学于罗汝芳，罗是泰州学派王艮的三传弟子，这一学派承继了王守仁哲学思想中的有积极意义的部分，加以发展，又称“左派王学”。这个学派抨击程朱理学，怀疑纲常礼教，反对束缚个性。和李贽关系很好，科道认为汤显祖轻浮孟浪，不足以司掌文衡，但是朱载坖决心已定，非要用汤显祖。
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