按照朱载坖的改革，地方有捕快、衙役和巡检司，就能够足够应对地方的一些盗贼流寇了，只要不是特别大的流寇叛军，地方应该是有足够的力量来处理这些事情的。
而朝廷驻各地的卫所官军和镇协野战官军则有其他的任务，卫所官军主要是屯垦和作为镇协官军的预备役，还有从中选拔京操班军作为常备军和地方的城防兵力，这些卫所官军平时由都指挥使负责指挥，对辖区内的城防负责。
而提督、总兵麾下的野战官军则是负责抵御外敌，征战四方的，由提督、总兵官负责训练指挥，这些官军地方官府是无权调动、指挥的，只有被朝廷特赐王命旗牌、令箭的督抚大员才能够凭借上谕、诏书指挥相应的官军在指定的区域作战，对于地方官府的命令，他们不能接受。
朱载坖同时严格军法，擅调卫所官军和镇协官军百人者，以谋反论处，杜绝地方官府过分掌握武力，在地方出现大规模民变、叛乱的时候，由地方官府向督抚请求之后，督抚可以使用王命旗牌或者令箭等信物，依照职权调动官军平叛，但是同时必须向练兵军务处奏报备案，不准擅自调动镇协官军，在用卫所官军能够解决问题的时候，不得调动镇协官军。
这样的话，朝廷就将地方兵权予以削夺，而对于京营和各地的官军，由朝廷予以统一调度，兵部负责清查员额，配置军器，编制军饷、军饷等事项，而练兵军务处则负责监察、接收军器并且监察质量，督导并监察训练，保障官军的战斗力。
同时将卫所的训练、管理、调动等日常事务都划归五军都督府管理，以加强五军都督府的权力，对于卫所体制，朱载坖也在和重臣们商量了之后还是决定对大明的卫所体制予以重大改革。
大明初年，卫所是官军的绝对主力，自京师达于郡县，皆立卫所。外统之都司，内统于五军都督府，而上下十二卫为子亲军者不与焉。征伐则命将充总兵官，调卫所军领之，既旋，则将上民所佩印，官军各回卫所。作为官军的主力，卫所官军在大明统一下，征讨北虏的过程中立下了赫赫战功。
但是现在的卫所官军已经早就不是当年的百战雄师了，屯田多被军官吞蚀，军士破产逃亡，所存无几，且缺乏战斗训练，仅供地主、军官役使，军器缺乏，要想全面整顿，朱载坖认为是不可能的，而且也没有必要，现在朝廷的征战主力已经是职业制的镇协官军了，他们主要承担野战任务，卫所官军的重要性就相对下降了。
按照旧制，军士都是世袭的，单独编户籍，叫作军户。凡各地卫、所皆实行屯田，以保证军饷的供应。军士分为屯田与守城的两部分，屯田者专事耕垦，供应军粮；守城者专务防守操练。军士守城与屯种的比例大致是边地三分守城、七分屯种，内地二分守城、八分屯种。
现在卫所一般不再承担野战的任务了，朱载坖认为现在卫所的当务之急应该是首先恢复起来，也就是：“清查隐占，均平粮额，开垦抛荒最为目前急务。”
由兵部、五军都督府、卫尉寺领头，对于卫所的军屯予以清理，同时将部分没有的土地的流民充为军户，编入卫所之中，分给土地，发给农具，令其开垦土地，之前朱载坖就将军户的籽粒降到和当地的田赋一样的水平，同时籽粒的征收由地方官府负责，剥夺了这些世袭卫所军官盘剥军户的主要途径。
同时统一规划，现在下都司为21个、留守司2个、内外卫493个、千户所359个，每卫抽调一千人作为脱产军士，作为地方都司的主要兵力，负责镇守城池、班操上京，和镇协官军享受一样的待遇，这样下的卫所官军实际的脱产军士就是四十九万三千人，除了两京十六万班操京军之外，剩余的军士负责驻守驻守各府州县，用以守卫城池、边堡、海防等。
卫所军士和镇协官军一样是朝廷的正规军，所享受的待遇一致，军器等也基本一致，除了卫所官军中的骑兵和重炮编配的很少之外，在其他方面，卫所官军和朝廷的镇协官军都享受一样的待遇，但是经费来源不同，朝廷的镇协官军是有朝廷直接保障军饷和军粮、装备的。
但是卫所官军的保障来源就相对比较多了，主要是朝廷保障军器装备，军粮军饷方面，则是由卫所的屯田籽粒和地方财政共同保证，但是沿边的省份如山西等，尤其地方财力不足，而沿边卫所众多，可以由朝廷予以接济，这样可以减轻朝廷的负担。
同时对于士卒，要予以优待，凡是参军的士卒，不管其是军户还是民户，免除其家二十亩的赋税和各种差役折色，作为优待士卒的条件，经过改革之后，卫所的作用发生了重大的变化，由原来朝廷的的征战主力变成了城防和预备的工作，当镇协官军缺员的时候，可以优先从卫所中招募军士，家有三丁的，必须出一丁服役，这就是现在军户和百姓的主要区别。
军户可以无偿从朝廷手中获取耕地，朝廷还会发放农具等物资，但是就要承担服役的义务，同时对于卫所的设置也要予以调整，有些卫所要迁移，卫所要主要配置在交通要道、沿边沿海、重要城市等地方，同时保障军户必须能够分到土地，是卫所制度得以存续下去的重要原因。
之所以朱载坖不遗余力的开疆拓土，就是缓和日益尖锐的蓉矛盾，将这些卫所从内地迁移到边疆去，一来以兵屯垦，加强朝廷对于新收复的土地的控制能力，二来就是保障卫所有足够的土地以安置军户，从而保证官军的兵源。
这样一来，卫所和镇协各司其职，互为表里，既保证朝廷官军有较强的战斗力，又保证朝廷对于军队的绝对控制。
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