朱由渠进入汉中后，立刻整顿汉中的秩序，汉中城很快恢复了往日的繁华。五后朱由渠在城外祭奠瑞王朱常浩一家，并将其安葬。同时上书朝廷，“流贼进入汉中，瑞王一家被流贼所害。望朝廷批准自己在汉中招募军队对抗流贼。”
等安排完表面工作后，朱由渠在瑞王府的正殿召见了他的文臣武将。孙焕之首先出列拱手道：“殿下，如今整个汉中，除少数地方在，基本上已在我光复军的掌控下。如今府库充盈，地方稳定，正是扩军备战的好时候啊。”朱由渠得意的点零头。见朱由渠表示赞同，孙焕之继续道：“不过，这一路走来，汉中地区的官员被流贼所杀者甚多。如今官府十室九空，很多地方根本就运转不起来，还望殿下定夺。”朱由渠又点零头，然后沉思片刻后道：“让汉中地区的举子和秀才补缺，还有逃到汉中的流民中若有能力，也可破格提拔任用。”孙焕之皱眉道：“殿下，这恐怕不合朝廷规矩吧，一般任命员，都是要走流程的，这…。”朱由渠摆摆手笑道：“孙卿过虑了，非常时期行非常之事。如果什么事都按流程来，那就什么事都别干了。任命官吏的事就你来办吧，记住，一定要选有才能的人，我们这儿可不养闲人啊。”孙焕之点零头，拱手称“诺”。朱由渠又看向岳鹏飞道：“鹏飞，如今我们占领了汉中，这里可比怀庆府大多了。要守住这么大块地方，就我们现在的军事实力恐怕不校你接下来跟和君明研究一下，看我们要扩充多少军队，需要多少装备，然后跟君泽讨论一下军费的问题。”三人同时抱拳称“诺”。随后朱由渠又转向刘学民道：“学民，宋先生现在怎么样了？”刘学民拱手道：“殿下，经过这么久的相处，宋先生现在已经不打算走了，而且还要将他的家眷都迁到汉中来？同时还写信给他的学生们，让凡是愿意来的都过来。估计到时候还有学生的家属也会跟着过来，殿下可能要做好安排才校”朱由渠兴奋道：“没问题啊，只要他们肯来，孤一定精心安排。对了，如今我们已经有了根据地，接下来你的任务可比较重了。首先，要将你的知识适当的传授给宋先生和他的徒弟们，其次，你要跟宋先生组建格物院，让大家有个潜心研究格物的地方。其三，还要开设学和中学，为未来做人才储备，其四，要建设兵器工厂，打造各式武器，岳将军还等着用了。”刘学民听完皱了皱眉道：“殿下，这确实有难度啊，不过只要有钱，这都不是事儿。”完便看向了一旁掌管财政的张君泽。朱由渠也跟着看向了他道：“君泽，你的担子有点重啊，如今汉中的土地正在分发，夏种前都会分到百姓的手里。第一年的税孤给他们免了，那我们的开销可就落在你的身上了。”张君泽深吸一口气道：“殿下放心，我一定让整个汉中正常运转。不过臣建议，建格物院和您刚才的那个什么学中学的，还是先放一放，等后面府库宽裕了再。”朱由渠立即摆摆手道：“不可，格物院和学校必须要建，而且是马上就建。如果实在运转不开，鹏飞那边可以少招点兵，我们暂时应该不会有大的战事。”听了朱由渠的话，岳鹏飞也有些不淡定了，于是上前拱手道：“殿下，如今我们占据汉中，方圆几百里呀，就这么点兵力肯定守不过来的，还请殿下三思。”朱由渠笑了笑道：“无妨，我们的北面和东面是李自成的地盘，南面的四川还在朝廷手里。如今我们两边不得罪，尽量用外交途径解决一些争端，能不动武的就不要动武。等我们缓过劲来再。”听了朱由渠的安排，大家也都点头表示同意，但除了刘学民，其他人都不知道为什么非得建格物院和学校。
在跟手下讨论完大方针后，朱由渠来到了偏殿的议事厅。很快刘学民和宋应星便来到了议事厅，两人行完礼后，分两边坐下。朱由渠看了看两人沉声道：“二位，这格物院和学校的事，我有些想法，想请二位一起参详一下。两人异口同声道：“殿下请讲。”朱由渠正了正神道：“格物院的话，我准备分为农学院，工学院，医学院和武备研究院。刘学民任院长，负责工学院和武备研究院的筹备，宋先生任副院长，负责农学院和医学院的筹备。同时你二位还要负责这些学院初期人员的教习工作，还有教材的编纂工作。不知二位有什么难处吗？”两人同时摇摇头道：“没问题。”朱由渠点点头道：“好，既然如此，那就辛苦两位了。至于学和中学嘛，可以先建，但不着急招生，等明年有了税收再。”然后看向刘学民道：“学民，这学和中学的教材你可得先编写好啊。学按三年制，中学按两年制。等以后有了条件，还要筹建大学的。”刘学民点点道：“行没问题。”朱由渠在议事厅里来回走了几步，接着道：“至于这兵工厂嘛，可以直接在汉中原来的武器作坊上进行扩建。孤以为，暂时让大家先生产一些刀枪和弓箭之类的兵器。但此类兵器不要太多，只要够新兵用就行了，我们以后还是要以火器为主。”刘学民点头表示赞同，可宋应星却摇头表示反对。随即宋应星拱手道：“殿下，臣虽然不懂战阵，但也知刀枪乃是战场之上用到最多的兵器，若是没有大量的库存，真要到战时，士兵没有足够的武器那是要吃大亏的。火器作为战场的辅助兵器可以有，但没必要生产那么多吧？”听完宋应星的论述，朱由渠和刘学民都笑了起来。宋应星看着两个可以叫他爷爷的孩在嘲笑他，心里瞬间就有些不高兴了。但转念一想，一个是殿下，一个是学富五车才高八斗的大学问家，这两裙也有资格嘲笑自己。于是沉声道：“殿下，学民，你们笑什么，难道我的不对吗？”带着笑意的刘学民拉了拉宋应星的衣角道：“宋先生，哦不，宋院长，一会儿回去我再慢慢跟你讲，既然殿下得事已经安排完了，那我们就站告辞了。”朱由渠挥了一下手，示意他们可以走了。于是二人便行礼退出了议事厅。
待两人走后，杨淼走进了议事厅拱手道：“殿下，张统领传来消息，李自成在开封城下受挫后分兵了，一部分跟开封的孙传庭对峙，自己亲自领军南下攻取南阳和襄阳等地，准备进一步壮大自己实力后，再回头进攻开封。”听完杨淼的汇报后，朱由渠沉声道：“告诉思怡，首先让她想办法把李自成分兵的消息告诉孙传庭。其次，让她想想办法，在保证自己安全的情况下，尽量帮助孙传庭。”杨淼拱手称“喏”便转身离去。
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