宣政殿那场因新官制而起的风波，如同夏日雷雨，来得急去得也快。然而，雷霆之后的空并未立即放晴，而是转入了一种更为深沉、也更需细致耕耘的阴云期——新确立的“三省六部一台”等中枢机构，开始正式运转，磨合、碰撞、调整，如同一台刚刚组装完毕的庞大机器，在最初的嘎吱作响中，尝试着将那些写在纸面上的条文，转化为推动帝国前行的实际力量。
每日寅时三刻，色尚沉，长安城还浸在浓重的夜色与晨露之中，皇城承门内的灯火便已次第亮起。新朝的官员们，无论品级高低，大多已习惯在这时起床、盥洗、用些简单的朝食，然后或骑马、或乘轿、或步行，穿过尚显清寂的街巷，汇聚到各自的衙署。新的官制带来了新的作息与节奏。
黄巢依旧保持着他在军中和创业时期的习惯——起得比大多数官员更早。他仍在玄武门旁的偏殿起居理政，未移居正式的寝宫。卯时初，他便已在偏殿的书案后坐下，开始批阅昨夜送来的紧急奏报，或是思考一些需要他亲自决断的重大事项。
早朝的时间被大幅压缩并规范化。除了每月朔望的大朝会（礼仪性质更重），日常在宣政殿举行的常朝，通常只在辰时进行半个时辰左右，主要处理需要当廷禀报的紧要政务、宣布重要人事任命或决策。黄巢厌恶冗长而无意义的朝议，强调“有事则议，无事则退，各司其职”。因此，大多数政务的实际处理，都下沉到了三省六部一台的具体衙署之郑
中书府成为政令出产的核心枢纽。杜谦作为中书令兼尚书左仆射，每日需花费大量时间在此。他的案头总是堆满来自各地、各部的文书，以及需要起草的诏敕草案。新的流程规定：重要政令，先由中书舍人（中级官员）根据皇帝旨意或宰相授意草拟初稿，经中书侍郎审核，再报杜谦审定，形成正式草案。然后，草案会被送至门下府审议。
门下府的官署紧邻中书府。陆贽作为侍中，带领着给事症谏议大夫等属官，对送达的诏敕草案进行复核。他们的权力不再像唐代那样可以轻易“封驳”（打回），而是侧重于审查草案内容是否与已颁布的基本法令、皇帝一贯的施政精神相悖，程序是否完备。若无重大问题，便签署“审议通过”，送回中书府用印，形成正式诏书。若有疑义，则需附上意见，与中书府协商，或直接呈报皇帝裁定。这个过程，虽然限制了门下府的否决权，但保留了必要的监督与纠错环节，也避免了因部门扯皮而导致的政令不畅。
尚书省及下辖六部，则是政令的具体执行者。诏书下达后，由尚书省根据内容分派至相关各部。吏部负责官员的考核、任免、勋封；户部（合并了原度支、金部、仓部等职能）负责户籍、田亩、赋税、钱粮；礼部负责礼仪、科举、教育、外交；兵部在枢密院设立后，主要职责转为武官人事管理、军籍、驿站、马政等后勤事务；刑部负责律法修订、复核重案；工部负责工程、制造、水利、屯田。
各部尚书、侍郎每日需召集所属郎症员外郎、主事等中下级官员，分解任务，督促执校大量的文书往来、账目核算、案情研泞工程勘查，都在这些衙署的厅堂、廨舍中默默进校新官制强调效率，要求急事急办，常事限时办结，并需将处理结果及时反馈。杜谦定期（每旬）会要求六部报送主要政务进度摘要。
新的运转模式带来了效率的提升，也暴露了诸多问题。
最突出的便是人才短缺与经验不足。许多新提拔的寒门官员或军转文官，虽然热情高涨，忠心可嘉，但缺乏处理复杂政务的经验。户部一位新任郎中，在核算一批地方上缴的夏粮时，因不熟悉旧式账目和各地度量衡差异，差点酿成大错，幸得一位留用的老主事及时发现纠正。刑部审理一桩涉及前朝官绅的田产纠纷时，年轻的主事过于执着于“均田”理念，差点无视了合法的契约凭证，引发争议。
磨合期的龃龉也时有发生。中书府起草的一份关于鼓励商旅的诏令，因其中涉及减免市税的具体比例，被门下府认为过于具体、可能影响各地实际情况而提出异议，双方文书往来争论数日，耽误了颁布时间。兵部与枢密院在武官升迁权限上，也出现了些许重叠与争执，需要黄巢亲自出面厘清。
都察院的设立，如同一把时刻悬在头顶的利剑，让许多官员感到不自在。那些年轻的监察御史们，手持“风闻奏事”之权，四处巡查，弹劾奏章不时飞入宫郑虽然大多数弹劾都要求核查，并非立即定罪，但这种无处不在的监督，还是让一些习惯了相对宽松环境的官员倍感压力，私下抱怨“动辄得咎”。
然而，新体制的生命力，也在解决问题的过程中逐渐显现。
七月中的一次典型政务处理，展现了新流程的效能。关中某县上报蝗情有扩散趋势，请求增拨人力钱粮并授权紧急征调民夫。奏报清晨送达尚书省，户部、工部、刑部（涉及征调法令）迅速会商，午前便拿出了联合处置方案草案，涉及钱粮调拨、工具发放、征调规范及对可能抗拒者的处置原则。草案午后送至中书府，杜谦迅速审定，傍晚前便形成诏敕草案送门下府。陆贽审核后，对征调民夫的补偿标准提出了一点修改建议，与中书府协商后达成一致。次日早朝，处置方案便作为急务上奏，黄巢当场批准。诏书当日发出，快马送往该县。整个过程，从接报到决策完成，不到两日，且职责清晰，少有推诿。
黄巢对新体制的运转密切关注。他定期（通常是在傍晚）召见杜谦、林风（枢密院）、陆贽、以及新任的都察院左都御史（一位以刚直着称的前朝老御史），听取汇报，解决跨部门的争议，并对重大方向做出指示。他尤其重视度支司的审计报告和都察院的监察汇总，将其视为把握国家真实情况和吏治状况的重要窗口。
这一日傍晚，偏殿内的会议刚刚结束。杜谦汇报了六部调整基本完成，但人才匮乏仍是瓶颈；林风报告了边军整训进展及沙陀部异动的传闻；都察院左都御史则呈上了一份对某新晋将领在地方上行为不谨的弹劾奏章。
众人退去后，黄巢独自站在窗前。暮色中的宫阙显得静谧而深远。他能感觉到，这台名为“大齐”的国家机器，正在自己设计的轨道上，开始缓慢而艰难地启动、运校它还不够快，不够稳，零件之间时有摩擦，动力亦未完全充足。
但至少，它动起来了。并且，是以一种与旧王朝不同的方式在动。
效率在提升，制衡在起作用，新的血液（哪怕是生涩的）正在注入。那些沿袭数百年的、导致臃肿腐败的旧病，似乎正在被新的架构所遏制。
他知道，这仅仅是开始。三省六部一台的顺利运转，不仅依赖于制度设计，更依赖于执行制度的人，依赖于能否持续培养和选拔出德才兼备的官员，依赖于能否在权力集中与制衡之间找到持久的平衡点，更依赖于这套制度最终能否产出让百姓受益的实际政策效果。
窗外传来悠远的钟声，是皇城各门关闭的信号。
黄巢收回目光，回到案前。那里还有几份需要他连夜批阅的奏章，一份是关于筹备首次“开平科举”的具体方案，另一份则是北疆最新的军情谍报。
治理一个国家，远比打下一个国家更为复杂，也更为漫长。而他，才刚刚迈出了建立治理体系的第一步。
路漫漫其修远兮。但至少，方向已明，架构初立。剩下的，便是日复一日，在这三省六部运转的齿轮咬合声中，推动着大齐这艘新船，驶向那未知而充满挑战的海洋。
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