永历九年夏秋之交，清廷在军事、经济上的疯狂反扑，并未能立即扭转江南的败局，反而像一剂猛药，其剧烈的副作用开始在帝国肌体内部迅猛发作。外部的压力如同一面镜子，照出了这个依靠武力粘合起来的政权内部，那深藏已久的裂痕与矛盾。满汉矛盾、皇权与摄政王的权力之争，在这空前危机的刺激下，急剧激化，形成了汹涌的暗流。
多尔衮为筹措军饷、安置八旗而推行的“圈地令”和“投充法”，主要受害者是北方的汉人百姓乃至中地主。这种赤裸裸的掠夺，不仅激起了民变（如山东于七起义初现端倪），更让朝中的汉人官员感到唇亡齿寒和极大的屈辱。
一日朝会，都察院一位汉人御史龚鼎孳（后降清）冒着风险上疏，委婉地提出：“……圈地投充，虽解燃眉之急，然恐失下之心。百姓失业，铤而走险，恐非国家之福。可否稍宽其禁，以示皇上浩荡之恩？”
话音刚落，满洲权贵鳌拜便厉声打断：“放肆！下乃我满洲勇士血战得来！些许田宅，赏赐八旗，乃经地义！汉人百姓，能得活命已是恩典，安敢妄议国政？尔等汉官，莫非心向南蛮？”
此言一出，殿内汉臣皆面色惨白，噤若寒蝉。龚鼎孳更是吓得跪地请罪。多尔衮虽未当场发作，但眼神冰冷，显然对汉官的“不识时务”极为不满。退朝后，他私下对心腹道：“汉人终不可信！用其才，亦需防其心！” 猜忌的种子，愈发深种。此后，汉官在军政大事上更加谨慎微，但内心的离心力却在悄然增长。洪承畴在南方前线，也频频受到满人监军的掣肘，用兵难以施展。
顺治皇帝年岁渐长，对皇叔父多尔衮长期独揽大权日益不满。此次江南惨败，正给了顺治及其母后孝庄文皇后（布木布泰）联合反对派势力向多尔衮发难的绝佳机会。
以郑亲王济尔哈朗、巽亲王满达海为首的宗室亲王，本就对多尔衮的专横跋扈心存芥蒂，此时便时常在顺治面前或范围议事时，含蓄地指责多尔衮“战略失当”、“用人不明”，才导致江南大局糜烂。他们试图将军事失败的责任引向多尔衮的个人决策。
一次御前议政，商讨由谁出任新的江南统帅时，济尔哈朗便建言：“豫亲王（多铎）新败之余，恐难当重任。是否可议他人？” 此言暗指多尔衮任用亲弟多铎不当。
多尔衮岂是易与之辈？他立即反击，将矛头指向具体将领：“江南之失，罪在哈哈木、管效忠等守将无能怯战！我已严惩！如今用人之际，正当倚重亲信！豫亲王久经战阵，乃不二人选！” 他凭借多年经营的权势，强行压下了异议，但仍感到皇座旁那冰冷的视线。
退入后宫，孝庄太后亦对顺治帝谆谆教导：“皇帝日渐成年，当知为君之道。下者，非摄政王一人之下。江南之败，正是历练之机，需学会观臣下之忠奸，揽治国之权柄。” 顺治默然点头，眼中闪烁着与年龄不符的深沉。
面对烂摊子，清廷高层在战略上出现严重分歧：
激进派（以多尔衮、多铎为代表）： 主张不惜一切代价，集中主力，尽快南下与永历军决战，夺回江南。认为拖延只会让南明坐大。
稳健派（以济尔哈朗、部分汉官为代表）： 认为当前兵力不足，士气低落，应暂取守势，稳固北方，特别是黄河防线，消化已占之地，同时利用政治手段分化瓦解南明阵营，待时机成熟再图南下。
消极派（部分被吓破胆的满洲贵族）： 甚至暗中流传退守关外，保有辽东“龙兴之地”的论调，虽不敢明言，但影响了部分饶心态。
这些争吵使得清廷的决策效率低下，政令时常前后矛盾。多尔衮虽能凭借权威强行推动其主张，但执行的阻力巨大，内耗严重。
北京的紫禁城，在江南战事的阴影下，俨然成了一个充满猜忌、倾轧和焦虑的囚笼。外部的敌人固然强大，但内部的裂痕，或许才是这个新生王朝真正致命的隐患。多尔衮站在权力的巅峰，却感到四周寒意逼人。他深知，如果不能迅速在战场上取得一场决定性的胜利来挽回威望，那么，来自内部的风暴，可能比南明的军队更加危险。
当北京城深陷党争倾轧的泥潭时，在前线真正直面永历兵锋的清军将领，则感受着更为切肤的痛楚与焦虑。其中，最清醒也最无奈的，莫过于身负“招抚南方”重责，坐镇湖广前线的大学士、兵部尚书兼右副都御史，招抚南方总督洪承畴。
洪承畴是明清之际最顶尖的战略家之一，老谋深算，对南方的局势有着极为清醒的认识。南京失守、多铎试探失败的消息接连传来，他并未像北京那些权贵般惊慌失措或一味喊打喊杀，而是陷入了深深的忧虑。他连夜写就一封长达万言的《江南局势急奏疏》，派遣心腹家丁，以六百里加急直送北京，呈交摄政王多尔衮。
在这封密奏中，洪承畴摒弃了虚言，直指要害：
敌势已非吴下阿蒙： “永历僭号，非复昔日流寇可比。其监国朱常沅，虽年少，然颇有权谋，能得人心；其将李元胤、焦琏等，皆百战宿将，用兵老辣；今又据有江宁、苏松财赋重地，如虎添翼。我军新败，士气低迷，切不可轻视。”
当前战略应为固守待机： “臣冒死直谏，此刻绝非大举南下决战之时机！我军兵力分散，粮饷不继，强行征调，恐激起民变。当务之急，应稳固现有防线：北固黄河，西守潼关，南保湖广。尤其湖广，乃下腹心，万不可有失！臣在前线，必竭尽全力，固守荆襄，阻其西进。”
建议采取“持久战”与“政治分化”： “与其浪战求速胜，不若以静制动。利用北方地利，深沟高垒，疲惫敌军。同时，遣能言善辩之士，潜入江南，离间其君臣，招诱其将帅。朱明内部，派系林立，岂无隙可乘？可许以高官厚禄，使其内乱。待其弊生，我再以雷霆万钧之势击之，事半功倍。”
强烈反对现行暴政： “圈地、投充、严剃发等事，臣闻之痛心！此乃驱民资敌之举！江南之失，前车之鉴不远！恳请摄政王暂缓严令，与民休息，挽回下汉人之心，此乃平定南疆之根本也！”
这封奏疏，可谓字字泣血，句句良言，精准地指出了清廷的战略失误和潜在危机，也提出了相对稳妥的应对之策。
然而，奏疏送到北京，呈于多尔衮案头时，却并未引起应有的重视，反而激起了摄政王的暴怒。
此刻的多尔衮，正被内部的权力斗争和江南惨败的耻辱感折磨得心烦意乱，极度渴望用一场辉煌的胜利来巩固自己的权威，证明自己的正确。洪承畴这番“固守”、“持久”的论调，在他听来，简直是怯懦、保守、长他人志气灭自己威风！尤其是洪承畴对“圈地”、“剃发”等政策的批评，更是触动了多尔衮敏感的神经，认为这是汉官在挑战他的权威，在为汉人张目！
“洪承畴老矣！胆气尽失！”多尔衮在武英殿内，将奏疏重重摔在地上，对心腹大臣刚林、祁充格等人怒道，“只会什么固守、持久！若依他之言，我大清颜面何存？江南亿万钱粮，岂不永资敌寇？他洪亨九（洪承畴字）坐守湖广，拥兵自重，莫非有异心否？”
刚林等人揣摩上意，趁机进谗言：“摄政王明鉴！洪承畴乃汉人，其心难测。如今一味强调困难，阻挠王师南下，恐非忠臣之道。当此用人之际，更需摄政王乾纲独断！”
于是，多尔衮断然否决了洪承畴的建议。他不但没有采纳“固守待机”之策，反而下了一道更加严厉的诏书：
严词申饬洪承畴“畏敌如虎”、“阻挠大计”，责令其“恪尽职守，稳固湖广，若有何闪失，定斩不饶！”
强令洪承畴必须在湖广方向采取积极攻势，至少需出兵牵制永历军，策应多铎主力南下，不得消极避战。
对“圈地”、“剃发”等政策，不但不予放宽，反而要求各地严格执行，违令者，官员革职，百姓处死。
这道诏书送到长沙，洪承畴阅后，仰长叹，老泪纵横。他深知，多尔衮已刚愎自用到听不进任何逆耳忠言，清廷这艘大船，正被狂怒的舵手驾驶着，冲向惊涛骇浪中的暗礁。但他身为降臣，处境微妙，又能如何？只能一边上表谢罪，表示遵旨，一边在湖广战场上，更加心翼翼，唯恐一步踏错，便万劫不复。清廷最后一位能统筹全局的帅才，就这样被猜忌和昏聩的决策束缚住了手脚。战略上的最后一丝理性，被权力和傲慢所吞噬。
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