就在征东将军焦琏势如破竹地底定苏南，并准备会同水师进攻杭州的同时，永历政权收复失地的战略在其他方向也同步展开。朱常沅采纳了“远近交攻，分化瓦解”的策略，对距离南京较远、清军势力尚存或情况复杂的地区，加大了政治招抚的力度，力求以较的代价，争取更多的势力归附，从而形成对清廷的孤立和包围之势。
第一个重点方向，是江西和安徽（皖南）地区。
南京光复后，江西北部、安徽南部的清军势力顿时陷入孤立和恐慌之郑这些地区的清军守将，多为汉人绿营军官，与清廷核心利益关联不深，此时面临“前进无路（东面是永历军），后退有忧（西面是原大西军活动区或清军控制不稳固地带）”的尴尬境地。
朱常沅看准这一点，决定采取“以抚为主，以剿为辅，恩威并施” 的策略。他亲自选定了几位能言善辩、熟悉当地情况的官员为钦差，携带重礼和加盖玉玺的诏书，分头行动：
招抚九江： 遣使至九江府。九江地处长江中游要冲，位置关键。守将冷允登，原为左良玉部将，后降清。使者陈明利害，许以高官厚禄，并暗示永历大军不日西进，望其识时务。冷允登见南京已失，上游安庆早在永历军手中，自己孤悬江北，抵抗只有死路一条，遂杀城内满官，率部归降。永历军兵不血刃，收复九江重镇，长江航道进一步畅通。
策反安庆周边： 对安庆府（此前已由永历军占领）以西的池州府、太平府（部分）等地，也派出使者。这些地区清军兵力薄弱，官员更是人心惶惶。在强大的政治压力和确切的优厚条件（如归顺后官职不变，有功者升迁）下，池州知府、铜陵守备等纷纷易帜。永历政权几乎控制了整个皖南长江沿岸。
经略江西： 对江西的招抚更为细致。除九江外，重点针对饶州府（鄱阳湖东）、广信府（毗邻浙江）等地。这些地区靠近福建，是清福建提督杨名高的势力边缘。永历使者一方面宣示军威，另一方面利用地方士绅的影响力，成功促使饶州部分州县归附，动摇了清军在赣东北的统治。
第二个重点方向，则是利用水师优势，进行沿海招抚与威慑。
水师提督周瑞在配合陆师东进的同时，奉命率领一支分舰队，沿海岸线南下，巡弋至浙江沿海，甚至逼近福建边界。舰队所到之处，耀武扬威，并不断派遣艇登岸，散发永历诏书，号召沿海州县、卫所官兵弃暗投明。这对清廷控制的浙江、福建沿海地区造成了极大的心理压力，许多沿海巡检司、水寨的汉人军官暗中与永历政权联络，表示愿意效忠。
然而，招抚并非万能。 对于少数冥顽不灵、或与清廷绑定过深的势力，军事打击是必要的手段。
在安徽南部，徽州府（歙县）的部分清军凭借山地负隅顽抗，拒不投降。周谌在平定宁国府后，派出一支偏师，汇合当地归顺义军，经过一番激战，攻克徽州，惩办了首恶，迅速安定霖方。
在江西，广信府的部分地区，清军将领试图抵抗，被从九江方向西进的永历军一部击溃。
对于数量庞大的降军和降官，永历朝廷展现了足够的政治智慧和宽容，但也保持了必要的警惕。
朱常沅明确下诏：“归顺文武官员，一体量才录用的；绿营降卒，愿留者编入行伍，愿去者资遣还乡。” 这套相对宽大的政策，有效地安抚了人心，减少林抗。例如，率九江来归的冷允登，被授予都督同知衔，其所部经过整编后，被调往江北前线驻防，既示信任，也防其原地坐大。沐涵的靖安司则加强对这些新附人员的暗中考察。
至永历九年七月，通过一系列成功的政治招抚和必要的军事行动，永历政权不仅巩固了苏南根据地，更将控制范围向西扩展到江西九江、皖南大部，向南逼近浙江杭州，初步形成了一个以南京为中心，横跨苏、皖、赣，控扼长江下游的战略优势局面。清廷在东南的统治区被压缩至浙江、福建一隅，且处于永历军水陆威胁之下，形势岌岌可危。
这一日，朱常沅在南京皇宫，看着舆图上大片被标注为赤色（永历控制）的区域，对李元胤、沐涵感叹道：“古人云，‘仁者无弹，又云‘不战而屈人之兵’。今观之，信然！若非南京光复之大势，岂有今日传檄而定之局面？然，杭州未下，浙闽虏势尚存，切不可掉以轻心。”
“监国圣明。”李元胤道，“焦琏将军已准备对杭州发起总攻。只要拿下杭州，则浙江可传檄而定，东南半壁，尽入版图矣！”
朱常沅目光深邃：“但愿如此。然，虏廷绝不会坐视东南尽失。真正的考验，或许才刚刚开始。” 他深知，接下来的杭州之战，以及应对清廷必然到来的反扑，将是更严峻的挑战。
永历九年七月，江南的盛夏酷热难当。在苏南地区传檄而定、江西皖南招抚成功的同时，东南战场的焦点，迅速集中到了浙江杭州。这座被誉为“人间堂”的古城，此刻却弥漫着浓重的战争阴云，成为了清廷在东南地区最后、也是最坚固的堡垒。
清浙江巡抚萧起元、提督田雄，是清廷在浙江的干将，对清廷死心塌地。南京失守后，他们深知杭州必是永历军下一个目标，因此不惜一切代价，疯狂备战。萧起元强征民夫，日夜加固城墙，深挖壕沟，并在城周险要处增筑炮台。田雄则收拢从苏南溃退下来的残兵败将，与杭州原有守军合兵一处，兵力增至近三万，并囤积了足支一年的粮草军械，摆出了一副负隅顽抗、玉石俱焚的架势。同时，他们不断派快马向北京和福建的平南王尚可喜求救。
永历方面，朱常沅和李元胤都清楚，杭州是块硬骨头，但必须啃下。拿下杭州，不仅能够彻底肃清东南清军，获得浙江这个重要的财赋之区，更能极大震慑福建、广东的清军，为后续的战略展开奠定基础。若拖延日久，等清廷援兵到达，战局将复杂化。
七月初，征东将军焦琏在完全平定苏南后，率得胜之师，浩浩荡荡，自嘉兴方向进军，兵临杭州城下，驻扎于昆山门（约今杭州东站一带）外。与此同时，水师提督周瑞率领庞大舰队，溯钱塘江而上，突破清军在鳖子门（钱塘江入海口要隘）的防线，进抵杭州城南的钱塘江面，完成了对杭州的水陆合围。
李元胤也奉朱常沅之命，自南京移驾至嘉兴前线督师，统筹全局。大军云集，号称十万，将杭州围得水泄不通。
然而，焦琏和周瑞在初步勘察杭州城防后，都倒吸一口凉气。杭州城西倚西湖、南临钱塘江，东、北面则是水网密布，地形复杂。城墙高大坚固，经萧起元、田雄全力加固，更是易守难攻。清军火炮密布城头，防御体系严密。
“大将军，”焦琏向李元胤汇报，“杭城城坚池深，守敌顽抗，强攻恐伤亡甚大。”
周瑞也道：“钱塘江水面虽被我控制，然虏军于城南凤凰山、将台山等处设有多处炮台，对我水师威胁甚大，陆军登陆亦极为困难。”
李元胤亲临前线视察后，认同二饶判断。他召集众将议事，定下了“长围久困，伺机破城” 的基本策略，但并非消极等待，而是积极行动：
肃清外围，扫除障碍： 命令焦琏，分兵攻取杭州外围的海宁、富阳等州县，切断杭州与外界的一切陆路联系，使其彻底成为孤城。同时，拔除城周清军据点，如宝石山、孤山等处的清军炮台，减少攻城阻力。
水陆配合，持续施压： 周瑞水师每日派战船靠近江岸，用炮火轰击城南城墙和清军阵地，进行火力压制和骚扰。焦琏的陆军则在城外挖掘壕沟，修筑营垒，逐步推进，并不定时地发动佯攻，消耗清军精力物力，疲惫守军。
政治攻势，分化瓦解： 李元胤采纳沐涵（其情报网络已延伸至杭州）的建议，将劝降书信大量射入城中，言明利害，承诺优待投降将士。并利用内线，秘密联络城中的汉人官员和绿营中下层军官，策动其倒戈。
准备攻坚，制造器械： 暗中命令工兵和随军工匠，大量制造云梯、冲车、掘地道用的器械，并调集重炮，准备在时机成熟时，发动致命一击。
围城战从七月持续到八月。杭州城内，情况开始恶化。虽然粮草充足，但蔬菜、柴薪、药品等开始短缺，士气日益低落。萧起元、田雄虽弹压甚严，但军中怨言四起，不断有股士兵趁夜坠城投降。永历军的政治攻势开始见效。
八月十五，中秋节之夜。李元胤决定利用节日守军可能松懈的时机，发动一次大规模的火力突袭和试探性进攻。是夜，永历军水陆火炮齐鸣，猛烈轰击杭州各门，尤其是候潮门、望江门一带。焦琏派出的精锐“敢死营”，在炮火掩护下，乘夜色架起云梯，冒死登城。双方在城头展开激烈搏杀。虽然最终未能破城，但给清军造成了重大杀伤，并极大地动摇了其军心。战斗中，甚至有绿营军官试图打开城门响应，虽被及时发现镇压，但城内的人心惶惶已到了极点。
萧起元、田雄困守孤城，望眼欲穿的援军却迟迟不至（北面清廷正忙于应付其他威胁，福建尚可喜则持观望态度）。他们意识到，破城只是时间问题。是战是降，是殉节还是求生？巨大的压力下，清军内部的矛盾也开始激化。破城的曙光，已然显现。
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