当时元帝刚刚出镇建邺，王导叫郭璞为元帝占卦，得到的是咸卦、井卦，郭璞：“东北方向的郡县名称中有带‘武’字的，会出铎，以示受王命之瑞符。西南方郡县有以‘阳’为名的，水井会沸腾。”过后晋陵郡武晋县有人在田中得到五枚铜铎，历阳县中的水井沸腾，好几才平息。等到元帝为晋王时，又让郭璞占卦，得到的是豫卦和睽卦，郭璞：“会稽郡要出古钟，以显示王业的成功，钟有勒铭文字，应是在人家井泥中得到。这就是卜辞所的‘先王以作乐而广布德政，以盛乐荐祭于上帝’呀。”到元帝即位，在大兴初年，会稽郡剡县人果然在井中得到一只钟，长七寸二分，口径四寸半，上面有古文字十八个，有几个字是“会稽岳命”，其他的字人们都不认识。郭璞：“凡是有圣王兴起，必定有灵异的瑞符出现，以昭示人之心，与道神祗契合，然后才能是受命于。现在我们看到有五铎最先于晋陵予以明示，接着又有栈钟出现在会稽以告意，瑞兆不失其类，并列而出，这是多么奇伟的事啊。然则铎发出声响，钟是其象征，这些礼器一件又一件的来到，以事实来明一牵上与人世之间的关系不可不察呀。”元帝因此非常重视他。
郭璞着佣江赋》，文辞壮丽，为世人所称道。后来又着成《南郊赋》，元帝见了非常喜欢，任他为着作佐郎。当时阴阳错乱，而诉讼刑狱之事大兴，郭璞上疏劝谏。过后太阳上出现了黑气，郭璞又上疏陈事。不久，郭璞迁为尚书郎。数次上书，所言便公益民，对朝政多有匡益。明帝在东宫时，和温峤、庾亮关系密切，有布衣之交，郭璞也因才学而为明帝器重，和温峤、庾亮具有同等地位，受到舆论的赞美。然而郭璞性格率意不拘，不注意仪表，嗜酒好色，而时常过度。着作郎干宝常常规劝他：“这不是任性而行的事啊。”郭璞：“我的寿命是有一定限量的，尽量享受还怕达不到定数，你怕酒色会给我带来祸患吗？”郭璞喜好卜筮，门阀贵族们多取笑他。他自己则认为才高位卑，就写了一篇《客傲》。永昌元年，皇孙诞生，郭璞上疏再言时政，被元帝采纳。元帝根据他的建议，大赦下，改元永昌。
郭璞因母丧而去职，卜葬地于暨阳，离水有百许步。人们都议论不该离水太近，郭璞却：“当要变为陆地。”其后淤沙堆积起来，离墓几十里的地方都成了良田。不到一年，王敦起用郭璞为记室参军。这时颍川人陈述为大将军掾，很有名声，为王敦所器重，但不久就死了。郭璞哭得非常悲痛，呼叫道：“嗣祖，嗣祖，谁能知道这不是福气呀。”不久王敦叛乱。当时明帝即位跨了一个年头，没有改先帝的年号，正好遇到火星进入房星之域。郭璞当时休归在家，明帝派人拿着手诏前来询问。正好暨阳县汇报有人见到了赤色的乌鸦。郭璞上疏请改年号赦下，其文多不流传。王敦将要叛乱，温峤、庾亮让郭璞占卜，郭璞回答不能判定。温峤、庾亮又让为他们占凶吉，郭璞：“大吉。”郭璞走后，温峤和庾亮议论：“郭璞不明白，是他不敢明言，或许上要夺王敦之魄。今我们为国家办大事，郭璞大吉，是明举事必定会成功。”于是劝明帝讨伐王敦。
当初，郭璞常：“杀我的人是山宗。”到这时果然有姓崇的在王敦面前郭璞的坏话。王敦将要起兵，让郭璞占卜，郭璞回答：“不会成功。”王敦怀疑他曾劝告过温峤、庾亮，又听他报的凶卦，便对他：“你再为我占一卦，看我寿命长短。”郭璞回答：“根据刚才的卦，你若是起兵，不久就有大祸，若是住在武昌，寿长不可限量。”王敦大怒道：“你的寿命你知道吗？”郭璞：“我就会死在今中午。”王敦恼怒，把他抓起来，命人将其押到南冈处死。
郭璞临刑时，问行刑人往哪里去，回答：“在南冈头。”郭璞：“一定是在两棵柏树之下。”走到那里，果然有两棵柏树。他又：“树上应该有个喜鹊巢。”大家都找不到，郭璞叫人再仔细寻找，果然在树枝间找到了，被密集的树枝遮蔽着。
当初，郭璞在司马睿出镇建业之初曾经过越城，途遇一人，郭璞叫他的名字，将衣服送给他，那人不接受，郭璞：“只管拿去，以后你自会明白。”那人接受后离去。到这时果然是那个人行刑。郭璞时年四十九岁。
太宁二年，王敦之乱平定，朝廷追赠郭璞为弘农郡太守。
宋徽宗大观三年，郭璞因算学方面的成就被追封为闻喜伯。
元顺帝至元三年，郭璞被追封为灵应侯。
郭璞长于赋文，曾注释《周易》《山海经》《葬经》《穆子传》《方言》和《楚辞》等古籍，今人所着《辞海》《辞源》上均可见郭璞的注释。
郭璞一生的诗文着作多达百卷以上，数十万言，《晋书·郭璞传》称“词赋为中兴之冠”。其作品虽多涉及玄理，然词采绚丽，境界扩大，坎壈咏怀，与当时玄言诗绝不相同，通过对神仙境界的追求，表现忧生避祸的心情。另佣山海经注》《穆子传注》，明人辑佣郭弘农集》。
其中以《游仙诗》为主要代表，现仅存十四首，是华夏游仙诗体的鼻祖。游仙诗的来源很早，秦博士佣仙真人诗》，汉乐府中也有这类作品，建安、正始时期更不断有人继作。
游仙诗中明显地有两种倾向，一种是所谓正格的游仙诗，它们“滓秽尘网，锱铢缨绂，餐霞倒景，饵玉玄都”；
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