例如《内经》的人身宇宙观念，把气化融进了解剖的脏腑发展为藏象，从而建立了中医学的“真而不实，虚而不假”的人体模型。人体藏象和经络穴位也按气化功能命名，《素问·阴阳应象大论》把气化的激发作用称为“少火生气”，而《素问·六节藏象论》把少阳的启动作用称为“十一藏皆取决于胆”。甚至生理、心理现象也释以气化，如《素问·举痛论》言之“怒则气上”、“恐则气下”。气化论贯穿于《内经》理论后，使其人体的模式从解剖的构成论转为气化的生成论。
《内经》之运用气化论，但并无系统的专论或质认其渊源，倒是在七篇大论里系统地论述了其哲学、文学的来源和气化规律，是五运六气提出了气化学的理论纲领。其元气—五歇阴阳的化生顺序，与习见的元气—阴阳—五行之序迥异，此中的哲学概括是五运六气气化的哲学依据。《素问·六微旨大论》对气化的运动形式的观测法做了具体的论述，乃是“因之序，盛衰之时，移光定位，正立而待之”，从文气象测六节气位的标本中见之应见的数据，进而推验出气化理论。五运六气中的气化论其纲领是：1.升降出入；2.五运及六气皆因时、因盛衰而化，又皆应人应脏腑，六气之化为三阴三阳，有开合枢之变；3.气在自然及人体中皆有循行，人体有营卫等诸气在十二经中依时序而循行；4.人气有食饮之化，气有精气神之化；5.气化有亢害承制规律；6.气化之人相应，有标本中见之别；7.五运和六气两种气化五六相合之周期，气化异常致病也有周期，周期可呈现规律性与可预测性，即“顺之时，疾病可与期”。五运六气以此可堪称中医学的周期表。
七篇大论之药学理论和《神农本草经》有近缘关系，但更为深入。《素问·六元正纪大论》提出了用药“四畏”，即“用热无犯热，用寒无犯寒，用温无犯温，用凉无犯凉”，又指出，“发表不远热，温里不远寒”。《素问·至真要大论》提出“五味阴阳之用”的理论，明确论述了“辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴，淡味渗泻为阳”。进而提出了系统的六气司、在泉的调配之法，是配伍用药理论的篙矢。明代李时珍在《本草纲目》中，进一步发挥为“五运六淫用药式”。《素问·至真要大论》论述了制方原则：“君一臣二，制之也；君一臣三，制之中也；君一臣三佐九，制之大也。”奠定了方剂规律的原则。至于运气的升降理论，在药学方面，刘完素在《素问药注》中，提出气化论药性的理论问题，其后张元素在《珍珠囊》中为之响应，明末王象晋在《保安堂三补简便验方》中，具叙了升降浮沉药理和应季节加减用药之理。无怪乎清代蒋廷秀在《吴医汇讲》中称升降出入为“辨治百病之纲领”。七篇大论所叙及的气化仍未完备，到明代仍有发展，例如明代刘完素将“君火以明，相火以位”曲论为“君火以名”，据此人身也有相火，又着《素问药注》以气化论药性；明代李东垣论述脾胃为人身气化中枢主决升降；朱丹溪发扬河间之论创相火论，又对五运太过之五郁加以发扬，创越鞠丸而治抑郁证；明代温补学家把气化动力归于命门，其中孙一奎的动力命门阐述最为详赡。在气化论之应用方面则历代医家最有创新，如王冰在注文中提出引火归原，李东垣创甘温除热，朱丹溪论提壶揭盖，喻嘉言立畜鱼置介，吴鞠通用增水行舟法等，把气化之用发扬得至为传神。
“病机”一词，在中医经典中两见：一见于《神农本草经·序录》：“凡欲治病，先察其源，先候病机。”再就是《素问·至真要大论》的“审察病机，无失气宜”，以下即是着名的“病机十九条”。后世由此再发挥为病机学。“机”为“几”字演来。春秋时出现了“机”字。甲骨文之“几”字，上为脐带形象，下为板斧的形状，表示新婴诞生与事件的发生。所谓“万变发于一机”。东汉许慎未见过甲骨文，其《文》言“机”“从丝从戍”虽误，但他也“主发谓之机”。钱钟书先生认为“机”的蕴义源于《易经》。《易传·系辞上》：“易，圣人之所以极深而研几也。”钱钟书引证智者《法华玄义》总括曰：“机有三义：机是微义，是关义，是宜义。”五运六气之言病机，是在五运与六气交合因变而致病在其初动之时，从微的征兆可推断发展趋势。《鬼谷子·揣》讲“几之势”，《阴符经·下篇》言“机在目”和其后的“烛照机先”以及《素问·灵兰秘典论》的“至道在微”，都是从微的征兆去预见推断发展态势。是反映论而不是凭空臆推。《素问·至真要大论》依据“岁主藏害”和“以所临藏命其病”的观察所得，精辟地归纳出五脏病机和六气病机，“诸风掉眩，皆属于肝”到“诸呕吐酸，暴注下迫，皆属于热”共一百七十六字，指出据运气作用于脏腑的病象，就可以凭一而断。这在识病上真可以做到“其变机微而所动者大”，从初萌之微变能把握全病的机要，可谓“知其要者一言而终”。其十九条也是合于术数之论，即《周牌算经》所谓：“阴阳之数，日月之法，十九岁为一章。”明代刘完素深得病机的机要价值，用了三十五年的时间研究《内经》，在病机上把一百七十六字发展为二百七十七字，反复论辨以申之，凡两万余言，着成《素问玄病原病式》。此书“盖求运气言象之意，而得其自然神妙之情理”。
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