2015年。NERV总部，第四隔离区。葛城美里抱着膝盖，蜷缩在墙角。
“我还是不习惯待在黑暗的地方，”她的声音压抑，“总会回想起不好的事…”
儿时的美里，在那场被称为“第二次冲击”的地狱中幸存，巨大的创伤让她整整两年没有开口话。而那时，SEELE对外宣称那只是一场陨石撞击的灾难。彼时的冬月，早已洞悉这不过是情报操控的谎言，他执着地追寻着真相，“就算当事人中有碇唯的名字…”他这样对自己。
…
2003年。箱根，人工进化研究所。冰冷的金属走廊反射着惨白的灯光。冬月正准备进入所长室，迎面遇上了正从里面走出来的碇唯。她穿着一件素雅的紫色衬衫，外面套着研究员的白大褂，手里拿着一份文件，眉头微蹙，似乎在思考着什么。看见冬月，她微微一怔，随即脸上绽开那熟悉的、温和得体的微笑，轻轻点头：“好久不见。”
“啊，是有些时间不见了…”冬月微微低头，与她擦肩而过，声音里带着一丝不易察觉的疏离。碇唯脸上的笑容收敛了些，眼神复杂地看着他离去的背影。
所长室，巨大的“禁止入内”指示灯闪烁着红光。
“为什么隐瞒巨饶事？有关第二次冲击，你们早就知道了不是吗？你们明知道会发生那样的事情…”冬月坐在离碇源堂办公桌很远的椅子上，语气生硬地质问，“你你运气好，前一就回来了…”他猛地打开随身的手提箱，将一叠厚厚的报告文件重重摔在碇源堂面前的桌面上，“那把所有资料带回来也是运气好吗？”他站起身，一步步走到碇源堂面前。
碇源堂始终保持着那个标志性的姿势——双手交叉，手肘撑在桌面上，指尖抵着下巴。他脸上带着一种掌控一切的、冰冷的微笑：“这些东西竟然没有被销毁掉，真意外。”
“我调查了你的资产，”冬月的声音带着洞察的锐利，“养育两个孩或许要花不少钱，但你名下的资产未免也太多了。”
“不愧是冬月教授…”碇源堂镜片后的目光锐利如刀，带着一丝寒意，“您不如去经济学教书。”
冬月有些气结：“我要把隐藏在第二次冲击背后的SEELE和死海文书公诸于世！我不会原谅引发那件事情的人！”
碇源堂却只是无所谓地耸耸肩，表示随他便。但随即，他话锋一转：“但在此之前，想让你看一个东西。”
…
两人戴上UN标准的白色安全帽，坐上通往地底深处的电梯。电梯无声地下降，空气越来越冷。
“这是…”冬月看着下方豁然开朗的巨大空间，脸上难掩惊愕。幽暗的灯光下，一个庞大得难以想象的球形地底空间轮廓若隐若现。
“不知是谁留下来的，虽然89%都被掩埋了。”碇源堂的声音在空旷中回荡。
“原本是完美的球状地底空间吗…”冬月瞳孔骤缩，一个可怕的联想瞬间击中了他，“和南极的地下空洞！”
“几乎一模一样。”碇源堂平静地确认。
“你们…想再一次引发那种悲剧吗？！”冬月猛地扭头，愤怒地瞪着碇源堂。
碇源堂没有回答，只是示意他继续前校他们来到一间戒备森严的研究室。里面，一个熟悉的身影正坐在控制台前。
“啊，冬月老师。”赤木直子转过身，脸上带着职业化的微笑打招呼。
“赤木…你也来了。”冬月难掩惊讶。
“是啊，”直子点点头，“这里是研究生物计算机基础理论的最佳地点，我们打算命名为mAGI…”
“三贤人吗…”冬月感叹着犹太神话的隐喻。
“想给我看的就是这个？”他问。
“不是，”碇源堂打断，“请跟我来…”
穿过数道厚重的合金闸门，他们进入一个更加巨大的空间。“铛！”刺目的探照灯骤然亮起！灯光聚焦处，一个令人心悸的景象展现在冬月眼前——一个巨大的头部、脊椎和两只手，如同被钉在十字架上的受难者，静静地悬挂在场地中央
冬月倒抽一口凉气：“这…难道是那个巨人吗？”他瞬间联想到了南极的光之巨人。
“我们GEhIRN把那个物体称作亚当，”直子与碇源堂并肩站在背光处“但这个不同…这是人类利用亚当制造的东西，EVA。”
“这是零号机。”碇源堂补充道。
“神明的原型吗…”冬月喃喃自语，巨大的震撼让他几乎失语。
“冬月，”碇源堂的声音带着一种蛊惑人心的力量，穿透了空间的寂静，“要不要跟我一起，创造人类的新历史…”
…
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