抵达暗影星域外围时，舰队遭遇了暗影文明的前锋舰队。暗影战舰的舰体呈纯黑色，表面覆盖着能吸收光线的黑暗能量涂层，舰首的暗影能量炮散发着不祥的黑色光芒。前锋舰队的五十艘战舰率先发起攻击，暗影能量炮的光束击中光明舰队的护盾，护盾的能量被瞬间吞噬，几艘战舰的护盾瞬间归零。
“释放炎变异体！”林凡下令，上万只炎变异体如同红色的洪流，朝着暗影前锋舰队冲去。炎变异体吸收了太阳能量，身体散发着高温，接触到暗影战舰的瞬间，黑暗能量涂层被瞬间融化，舰体被高温烧毁。暗影能量炮击中炎变异体时，能量被炎变异体直接吸收，转化为更强大的火焰攻击。
前锋舰队很快被全歼，光明舰队驶入暗影星域。暗影星域内部一片漆黑，没有任何星光，只有暗影核心散发着微弱的黑色光芒，位于星域中心的一座黑色城堡郑暗影文明的主力舰队一百艘战舰围绕着黑色城堡，形成一道严密的防御圈，防御圈外围，无数被暗影能量操控的噬星族变异体在盘旋，数量多达数十万。
“这是一场硬仗。”源初之主握紧宇宙核心，“暗影核心能不断制造黑暗能量，为舰队和噬星族补充能量，我们必须速战速决，直接摧毁暗影核心！”林凡制定了三路进攻的战术：“第一路，由艾拉带领折纸文明和星澜族舰队，从左侧吸引敌方火力；第二路，由卡伦长老带领星航文明和机械族舰队，从右侧发起攻击；第三路，我带领源初文明和光翼文明舰队，以及炎变异体主力，直接冲击黑色城堡，摧毁暗影核心！”
战斗打响的瞬间，整个暗影星域都被战火照亮。艾拉的第一路舰队释放出无数折叠穿梭器，穿梭器搭载着太极能炸弹，朝着暗影舰队的左侧阵型冲去，炸弹爆炸产生的金紫光芒驱散了部分黑暗能量。卡伦长老的第二路舰队则利用时空技术，瞬间移动到暗影舰队的右侧，时空炮发射的时空扭曲能量击中暗影战舰，舰体被扭曲成不规则的形状。
林凡的第三路舰队则在炎变异体的掩护下，朝着黑色城堡直冲而去。炎变异体如同红色的利剑，撕开噬星族的防御圈，为舰队开辟出一条通道。暗影文明的首领亲自驾驶旗舰拦截，旗舰的暗影能量炮发射出一道巨型能量束，朝着寻迹号袭来。林凡将宇宙核心的光明能量全部释放，形成一道巨大的金色屏障，挡住了能量束的攻击。
“光明与黑暗，终究是光明更胜一筹！”林凡操控寻迹号冲向黑色城堡，太极能主炮与光明能量融合，发射出一道巨型金紫金色光束，击中城堡的大门。大门瞬间被摧毁，露出内部的暗影核心——一颗黑色的晶体，悬浮在城堡的中央。暗影首领见状，立刻调动所有黑暗能量，注入暗影核心，核心爆发出强烈的黑色光芒，无数黑暗触手从核心中伸出，朝着寻迹号袭来。
炎变异体纷纷冲上前，用身体挡住黑暗触手，将黑暗能量吸收。林凡抓住机会，将宇宙核心掷向暗影核心，两颗核心碰撞的瞬间，爆发出强烈的光芒，光明能量与黑暗能量相互交织、吞噬，形成一道巨大的能量漩危漩涡中，暗影核心的黑暗能量逐渐被光明能量净化，暗影首领发出一声绝望的咆哮，身体被能量漩涡吞噬。
当能量漩涡消散时，暗影核心已被光明能量彻底净化，转化为一颗淡金色的晶体，融入宇宙核心郑暗影星域的黑暗能量逐渐消散，露出了原本的星空，被操控的噬星族变异体失去了暗影核心的控制，恢复了理智，在炎变异体的带领下，朝着宇宙集群的各个星域飞去，开始清理残留的黑暗能量。
暗影文明的危机终于解除，宇宙集群的各个文明开始重建家园。林凡将净化后的暗影核心与光明核心、源初之核、时空之心融合，形成了一颗全新的“宇宙平衡核心”，将其安放在平衡枢纽的中央，为整个宇宙集群提供稳定的能量，同时构建起一道覆盖整个宇宙集群的能量屏障，抵御外来文明的入侵。
半年后，宇宙集群召开邻二次跨宇宙文明大会，这一次，不仅有宇宙集群的文明代表，还有来自界外甲壳族的代表。大会上，林凡被推选为“宇宙平衡守护者”，负责统筹整个宇宙集群的防御和探索事业。星骸文明的遗迹被列为宇宙级保护区域，其技术被各文明共享，推动了宇宙文明的整体发展。
大会结束后，林凡站在平衡枢纽的观测甲板上，艾拉、海澜、源初之主等人陪伴在他身边。舷窗外，宇宙平衡核心的光芒照亮了整个星空，炎变异体与其他噬星族变异体在星空中巡逻，守护着宇宙的和平。远处，界外甲壳族的舰队与宇宙集群的舰队并肩航行，朝着更遥远的宇宙深处驶去，开启了跨宇宙探索的新篇章。
“你，宇宙的尽头到底有什么？”艾拉望着无尽的星空，眼中充满了憧憬。林凡握紧手中的宇宙平衡核心，脸上露出坚定的笑容：“无论有什么，只要我们坚守平衡与共生的信念，就能携手面对一切挑战。宇宙的故事，才刚刚开始。”
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