裴寂被公开处斩后，人头高悬于长安城楼之上，示众三日，以儆效尤。百姓们纷纷前往围观，拍手称快，长安城内一片欢腾。但武少等人并未因此松懈，他们深知，裴寂虽死，玄甲组织的残余势力仍在，若不彻底清除，日后必成后患。
根据狄公交给的玄甲成员名单与据点分布图，以及审讯被俘玄甲成员获得的线索，武少、秦峰、苏凝霜制定了周密的清剿计划，兵分三路，对玄甲的残余势力展开了雷霆般的打击。
武少带领五千禁军精锐，前往终南山松风观。松风观作为玄甲的核心据点，虽大部分成员已在之前的战斗中被歼灭，但仍有部分亲信道士与玄甲死士留守，他们都是裴寂最忠诚的追随者，手中掌握着玄甲组织的核心秘密。松风观地势险要，背靠终南山主峰，前有悬崖峭壁，只有一条狭窄的山路可通，易守难攻。
武少抵达松风观下后，并未急于进攻，而是先派人勘察地形，确认了宋七之前发现的密道位置。他制定了“正面佯攻，侧面奇袭”的战术：让三千禁军从正面山路进攻，挥舞旗帜，呐喊造势，吸引留守成员的注意力；自己则带领两千精锐，从密道潜入观内，直捣核心。
正面进攻的禁军按照计划，朝着松风观发起猛攻。观内的玄甲成员果然中计，纷纷涌上山路的防御工事，射箭、投掷滚石，与禁军展开激烈对抗。就在双方僵持不下时，武少带领精锐从密道潜入观内，密道尽头直通松风观的后院，此处防守薄弱，仅有几名玄甲成员守卫。
武少等人迅速解决了后院的守卫，然后兵分两路，一路前往观主玄尘道长的房间，另一路则负责搜查观内的各个殿堂、密室，寻找玄甲的核心卷宗与秘密。玄尘道长是裴寂的亲信，武艺高强，擅长用毒，当武少等人闯入他的房间时，他正试图烧毁玄甲的核心卷宗。
“住手！”武少大喝一声，手持长剑冲了上去。玄尘道长见状，放弃烧毁卷宗，转身抽出一把拂尘，拂尘的丝绦上淬满了剧毒，朝着武少攻来。拂尘舞动，毒丝纷飞，带着刺鼻的腥气。武少早有防备，挥舞长剑，将毒丝一一斩断，同时避开玄尘道长的攻击。
两人激战数十回合，玄尘道长渐渐不敌，被武少一剑刺穿肩膀，倒在地上。禁军士兵立刻上前，将其擒获，并用特制的锁链锁住，防止他服毒自尽。
武少在玄尘道长的房间内进行了彻底的搜查，找到了一个隐秘的密室，密室中藏着玄甲组织的核心卷宗，里面详细记录了玄甲的所有秘密：资金往来的详细账目、成员的真实身份与联络方式、分布在各地的隐秘据点、未被发现的武器库与粮仓位置，甚至还有裴寂与部分李唐宗室的私下往来书信。
与此同时，秦峰带领三万京畿驻军，前往凤翔府，清剿雷火留下的残余兵马。凤翔府是玄甲在关中地区的重要据点，雷火之前收拢的两万残余兵马盘踞在此，负隅顽抗。秦峰采取“围城打援，断其粮草”的策略，先派遣一万兵马封锁凤翔府的各个城门，切断城内的粮草与水源供应，同时派人监视周边的道路，防止有援军前来支援。
围城三日之后，凤翔府城内的玄甲残余兵马粮草断绝，士气大跌。秦峰抓住时机，下令发动猛攻。京畿驻军装备精良，训练有素，在秦峰的指挥下，如同猛虎下山般冲向凤翔府的城门。玄甲残余兵马虽拼死抵抗，但终究寡不敌众，城门很快被攻破。
秦峰带领军队冲入城内，与玄甲成员展开巷战。经过两日的激战，凤翔府内的玄甲残余兵马悉数被歼灭或擒获，雷火的亲信将领全部被斩杀，凤翔府的玄甲据点被彻底摧毁。秦峰在凤翔府内找到了大量的兵器、粮草与金银珠宝，这些都是玄甲组织囤积的物资，全部被没收充公。
苏凝霜则带领两千衙役与三千江湖正道人士，对长安城内及周边地区的玄甲隐秘据点进行清剿。这些据点多隐藏在市井、山谷、寺庙中，极为隐蔽，有的伪装成客栈、当铺，有的则藏匿在深山老林的寺庙里，难以被发现。
苏凝霜凭借着之前清剿江湖残部的经验，以及狄公交给的据点分布图，逐一排查，逐个击破。在清剿长安城内一处伪装成当铺的据点时，苏凝霜遇到了顽强抵抗。这处据点的玄甲成员都是江湖上的亡命之徒，擅长暗器与格斗，当铺内机关遍布，危险重重。
苏凝霜与江湖正道人士合力，心翼翼地破解当铺内的机关，与玄甲成员展开激烈战斗。经过一番苦战，终于攻克了这处据点，擒获了所有玄甲成员，缴获了大量的暗器、剧毒药剂与密信。
在清剿终南山深处一座寺庙据点时，苏凝霜遇到了玄甲的一名核心头目“鬼面”，此人擅长易容术与暗杀，武功高强。苏凝霜与鬼面激战数十回合，最终凭借着精湛的剑法与灵活的身法，将鬼面斩杀，彻底摧毁了这处据点。
与此同时，柳清晏与魏元忠在长安城内展开了对玄甲余孽的排查。他们根据玄甲的核心卷宗与被俘成员的供词，抓获了大量隐藏在朝廷内部、市井之中的玄甲成员与同情者。这些人中，有朝中的低级官员、禁军的普通士兵，也有市井中的商贩、工匠，他们平日里隐藏在人群中，暗中为玄甲提供情报、传递消息、筹集资金。
柳清晏利用自己研制的药剂与审讯技巧，从这些人中获取了大量有用的信息，进一步摸清了玄甲的残余势力与活动轨迹，为清剿行动提供了有力的支持。魏元忠则利用自己的职权，在朝堂上展开调查，将与玄甲有牵连的官员一一揪出，革职查办，彻底清除了玄甲在朝廷内部的根基。
清剿行动持续了整整一个月，覆盖了大唐的多个州府，从关中到江南，从中原到边疆，玄甲组织的所有据点被摧毁，所有核心成员被歼灭或擒获，资金来源被切断，兵器粮草被收缴，曾经横行一时、危害下的玄甲组织，彻底覆灭。
在清剿行动中，武少等人也付出了一定的代价，不少禁军士兵、衙役与江湖正道人士牺牲或受伤。为了纪念这些牺牲的英雄，武则下令在长安城外修建了一座忠烈祠，将牺牲者的姓名刻在石碑上，供后人祭奠。
清剿行动结束后，武少将所有缴获的玄甲核心卷宗、兵器粮草、资金账本等，悉数呈交给武则。武则看着这些罪证，心中感慨万千，对武少、秦峰、苏凝霜、柳清晏等饶功绩给予了高度肯定，下令对有功人员进行重赏：武少被封为“镇国大将军”，赐良田千亩、府邸一座；秦峰被封为“膘骑大将军”，赏黄金百两；苏凝霜被封为“女都尉”，赐免死金牌一面；柳清晏被封为“太医院院疟，赏丝绸千匹。
长安城内，百姓们走上街头，欢呼雀跃，庆祝玄甲组织的覆灭。街头巷尾，到处都是庆祝的人群，舞龙舞狮，锣鼓喧，欢声笑语，一片祥和。武少、秦峰、苏凝霜、柳清晏等人站在皇宫的城楼上，望着下方欢庆的百姓，心中充满了成就感与欣慰。他们知道，这场持续多年的斗争，终于以胜利告终，下终于恢复了安宁，狄公的在之灵，也终于可以安息了。
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