议会批准潜地任务。钻探舰“深潜者号”抵达坐标点，却发现所谓囚牢实为一座诺亚前文明遗迹——风格与管理员科技迥异，更接近世界树脉络。
遗迹中央水晶棺中，沉睡的并非管理员，而是一名额生世界树嫩枝的女子！她手中紧握一片青金树叶，与沈余所化世界树同源。
艾米娜以悔露之力轻触棺椁，女子骤然睁眼，双眸如星云旋转：
“园丁的‘初代代行者’……终于等到唤醒者。”
她自称为“青芽”，乃园丁创世初首批播种的文明守护者，因反对管理员篡改协议而被封印于此。
青芽引动嫩枝之力，地面震颤，遗迹升上地表。她将青金树叶抛向际——
树叶化作光桥，直连管理员舰队！
舰内控制编码如雪消融，舱门开启，走出的并非士兵，而是数千名被禁锢的管理员平民！他们眼中再无数据流，唯余重生般的泪光。
为首的老者抚胸行礼：“感谢……吾等终获自由。”
他们坦言：管理员高层早已被库灵渗透，平民皆受胁迫。真正操控一切的，是库灵背后的“遗民议会”——由历代被园丁抹除文明的怨灵精英组成，誓向园丁复仇。
青芽神色凝重：“遗民议会掌握了‘余烬重构’技术……能将被抹除文明重铸为战争兵器。”
她指向星空某处：“他们的主库……就在那里。”
话音未落，地球同步轨道上突然浮现三座黑色方尖碑——
碑身刻满被抹除文明的图腾，正汲取太阳能量，向地核投射转化光束！
“目标……源火！”艾米娜惊呼。
青芽挥枝成盾，暂阻光束：“但源火少年仍在沉眠……”
悔露之力忽然在艾米娜体内沸腾，她不受控制地抬手——
七彩光华逆流而上，竟将转化光束反射向方尖碑！
方尖碑被这突如其来的反射光束击中，剧烈颤抖起来，表面的图腾闪烁着诡异的光芒。就在众人以为方尖碑要被摧毁时，它竟重新调整能量，三道更强大的转化光束再次射向地核，青芽的护盾开始出现裂痕。
此时，沈余感受到世界树传来的异动，他化作一道流光冲向方尖碑。他与青芽、艾米娜合力对抗，一时间僵持不下。
而那些获得自由的管理员平民，在老者的带领下，纷纷加入战斗。他们用自己掌握的科技知识，协助众人寻找方尖碑的弱点。
就在局势紧张之际，青芽突然发现方尖碑底部的一处符文闪烁异常，她大喊：“攻击那里！”众人集中力量，终于打破了方尖碑的防御，它轰然崩塌。
但遗民议会的阴谋远未结束，星空深处，隐隐有更多的黑色方尖碑在集结，一场更大的危机正悄然逼近。
碑体剧震，表面裂开缝隙，露出内部蜷缩的文明怨灵胚胎……
遗民议会为何突然袭击？反射的转化光束会对方尖碑造成何种影响？源火少年会否被惊醒？青芽的出现将如何改变格局？而悔露之力是否还能承受更多文明情绪？
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